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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1awt | ||||||
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タイトル | SECYPA COMPLEXED WITH HAGPIA | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (ISOMERASE/PEPTIDE) / COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) / CYCLOPHILIN A / HIV-1 CAPSID / PSEUDO-SYMMETRY / COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / platelet aggregation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / Platelet degranulation / protein folding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Vajdos, F.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of cyclophilin A complexed with a binding site peptide from the HIV-1 capsid protein. 著者: Vajdos, F.F. / Yoo, S. / Houseweart, M. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1awt.cif.gz | 200.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1awt.ent.gz | 163.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1awt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1awt_validation.pdf.gz | 514.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1awt_full_validation.pdf.gz | 569.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1awt_validation.xml.gz | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1awt_validation.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1awt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1awt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18092.887 Da / 分子数: 6 / 変異: SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED CYPA; / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CYCLOPHILIN / 遺伝子 (発現宿主): CYCLOPHILIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 565.642 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.4 / 詳細: pH 8.4 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8.2 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→15 Å / Num. obs: 32487 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / Rsym value: 0.206 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 159378 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.206 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE PROTEIN IS SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED, BUT THE SELENO-METHIONINE RESIDUES WERE REFINED AS METHIONINES. THE HIGH R-VALUE FOR THIS STRUCTURE STEMS FROM THE ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE PROTEIN IS SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED, BUT THE SELENO-METHIONINE RESIDUES WERE REFINED AS METHIONINES. THE HIGH R-VALUE FOR THIS STRUCTURE STEMS FROM THE EXTREME NON-RANDOM DISTRIBUTION OF STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES IN THE DATA. THE STRUCTURE HAS BEEN CONFIRMED IN BOTH THE PSEUDO-SPACE GROUP.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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