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万見
- PDB-1amz: CHICKEN CITRATE SYNTHASE COMPLEX WITH NITROMETHYLDE-COA AND MALATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1amz
タイトルCHICKEN CITRATE SYNTHASE COMPLEX WITH NITROMETHYLDE-COA AND MALATE
要素CITRATE SYNTHASE
キーワードOXO-ACID-LYASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE / ALLOSTERIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate (Si)-synthase / The tricarboxylic acid cycle / citrate synthase activity / citrate (Si)-synthase activity / citrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / NITROMETHYLDETHIA COENZYME A / Citrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / MOLECULAR SUBSTITUTION / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Usher, K.C. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanisms of Enzyme-Catalyzed Deprotonation of Acetyl-Coenzyme A
著者: Schwartz, B. / Vogel, K.W. / Usher, K.C. / Narasimhan, C. / Miziorko, H.M. / Remington, S.J. / Drueckhammer, D.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: A Very Short Hydrogen Bond Provides Only Moderate Stabilization of an Enzyme-Inhibitor Complex of Citrate Synthase
著者: Usher, K.C. / Remington, S.J. / Martin, D.P. / Drueckhammer, D.G.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Proposed Mechanism for the Condensation Reaction of Citrate Synthase: 1.9-A Structure of the Ternary Complex with Oxaloacetate and Carboxymethyl Coenzyme A
著者: Karpusas, M. / Branchaud, B. / Remington, S.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystal Structure Analysis and Molecular Model of a Complex of Citrate Synthase with Oxaloacetate and S-Acetonyl-Coenzyme A
著者: Wiegand, G. / Remington, S. / Deisenhofer, J. / Huber, R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic Refinement and Atomic Models of Two Different Forms of Citrate Synthase at 2.7 And 1.7 A Resolution
著者: Remington, S. / Wiegand, G. / Huber, R.
履歴
登録1997年6月19日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年8月2日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1043
ポリマ－48,1751
非ポリマー9292
水2,540141
1
A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CITRATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2076
ポリマ－96,3502
非ポリマー1,8574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13460 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.127, 78.500, 58.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 78.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CITRATE SYNTHASE


分子量: 48174.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: INNER MATRIX / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23007, EC: 4.1.3.7
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-NMX / NITROMETHYLDETHIA COENZYME A


分子量: 794.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H37N8O18P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 6
詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.01M NA MALATE, PH 6.0 2 MM NITROMETHYLDETHIA COENZYME A THE CELL ANGLE BETA IS DEFINED AS THE ACUTE ANGLE FOR CONSISTENCY WITH PREVIOUS PDB ENTRIES OF CITRATE SYNTHASE IN THIS SPACE GROUP

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月12日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 36528 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT精密化
SDMS(DCREDUCE)データ削減
SDMS(SCALE)データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR SUBSTITUTION
開始モデル: PDB ENTRY 1CSH

1csh


解像度: 1.8→25 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rwork0.154 --
all-36675 -
obs-36675 85 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 680 Å2 / ksol: 1.07 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3391 0 60 141 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01435451
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.147912
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.120470
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.018811
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0165095
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.734761
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0161120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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