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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ami | ||||||
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タイトル | STERIC AND CONFORMATIONAL FEATURES OF THE ACONITASE MECHANISM | ||||||
![]() | ACONITASE | ||||||
![]() | LYASE(CARBON-OXYGEN) | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Citric acid cycle (TCA cycle) / aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / citrate metabolic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Citric acid cycle (TCA cycle) / aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / citrate metabolic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Steric and conformational features of the aconitase mechanism. 著者: Lauble, H. / Stout, C.D. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Aconitase with Trans-Aconitate and Nitrocitrate Bound 著者: Lauble, H. / Kennedy, M.C. / Beinert, H. / Stout, C.D. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of Aconitase with Isocitrate and Nitroisocitrate Bound 著者: Lauble, H. / Kennedy, M.C. / Beinert, H. / Stout, C.D. #3: ![]() タイトル: Structure of Activated Aconitase. Formation of the (4Fe-4S) Cluster in the Crystal 著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D. #5: ![]() タイトル: Iron-Sulfur Cluster in Aconitase. Crystallographic Evidence for a Three-Iron Center 著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 325 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82764.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-MIC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 410465 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 60743 / Num. measured all: 410465 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 61.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 59765 / Rfactor all: 0.182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.06 |