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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ajr | ||||||
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タイトル | REFINEMENT AND COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE AND ITS COMPLEX WITH 2-METHYLASPARTATE | ||||||
![]() | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | AMINOTRANSFERASE / CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / PIG / HOMODIMER IN THE ABSENCE OF LIGAND | ||||||
機能・相同性 | ![]() Aspartate and asparagine metabolism / phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / aspartate biosynthetic process / Gluconeogenesis ...Aspartate and asparagine metabolism / phosphatidylserine decarboxylase activity / glutamate catabolic process to aspartate / glutamate catabolic process to 2-oxoglutarate / cysteine transaminase / L-cysteine transaminase activity / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / aspartate biosynthetic process / Gluconeogenesis / glutamate metabolic process / aspartate catabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / aspartate transaminase / oxaloacetate metabolic process / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / fatty acid homeostasis / response to glucocorticoid / Notch signaling pathway / gluconeogenesis / cellular response to insulin stimulus / pyridoxal phosphate binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rhee, S. / Silva, M.M. / Hyde, C.C. / Rogers, P.H. / Metzler, C.M. / Metzler, D.E. / Arnone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refinement and comparisons of the crystal structures of pig cytosolic aspartate aminotransferase and its complex with 2-methylaspartate. 著者: Rhee, S. / Silva, M.M. / Hyde, C.C. / Rogers, P.H. / Metzler, C.M. / Metzler, D.E. / Arnone, A. #1: ![]() タイトル: Pig Cytosolic Aspartate Aminotransferase 著者: Arnone, A. / Rogers, P.H. / Hyde, C.C. / Briley, P.D. / Metzler, C.M. / Metzler, D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999731, 0.005529, 0.022518), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46621.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: LYS258 SIDE CHAIN FORMS THE SCHIFF BASE WITH COENZYME PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.4 / 詳細: 40MM SODIUM ACETATE (PH 5.4)/8% PEG6000 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→100 Å / Num. obs: 91745 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.87 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 79.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 444811 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |