- PDB-1agz: THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN (R)-A-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 1agz
タイトル
THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN (R)-A-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61 OLIGODEOXYNUCLEOTIDE MODIFIED AT THE THIRD POSITION OF THE CODON 61 REGION, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*AP*RP*GP*AP*AP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
キーワード
DNA / DNA DUPLEX / B-DNA / HUMAN N-RAS GENE / CODON 61 SEQUENCE / R-STYRENE OXIDE ADDUCT / N6-ADENINE / MAJOR GROOVE / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#1: ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 1995 タイトル: Solution Structure of an Oligodeoxynucleotide Containing the Human N-Ras Codon 61 Sequence Refined from 1H NMR Using Molecular Dynamics Restrained by Nuclear Overhauser Effects 著者: Feng, B. / Stone, M.P.
THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA
代表モデル
-
要素
#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*AP*RP*GP*AP*AP*G)-3')
分子量: 3536.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: (R)-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61-3 DNA ADDUCT
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
分子量: 3291.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: (R)-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61-3 DNA ADDUCT
-
実験情報
-
実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
NOESY
1
2
1
2QF-COSY
1
3
1
AND TOCSY
1
4
1
: NOESY
1
5
1
2QF-COSY
1
6
1
AND(DO
1
7
1
05'-D
-
試料調製
試料状態
pH: 6.9 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
X-PLOR
3.1
モデル構築
X-PLOR
3.1
精密化
X-PLOR
3.1
位相決定
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
X-PLOR
3.1
BRUNGER
精密化
Felix
構造決定
X-PLOR
構造決定
MARDIGRAS
構造決定
CORMA
構造決定
精密化
手法: NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1