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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9671 | |||||||||
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タイトル | Adeno-Associated Virus 2 at 2.8 ang | |||||||||
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![]() | AAV2 / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Lou ZY / Zhang R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Adeno-associated virus 2 bound to its cellular receptor AAVR. 著者: Ran Zhang / Lin Cao / Mengtian Cui / Zixian Sun / Mingxu Hu / Rouxuan Zhang / William Stuart / Xiaochu Zhao / Zirui Yang / Xueming Li / Yuna Sun / Shentao Li / Wei Ding / Zhiyong Lou / Zihe Rao / ![]() ![]() 要旨: Adeno-associated virus (AAV) is a leading vector for virus-based gene therapy. The receptor for AAV (AAVR; also named KIAA0319L) was recently identified, and the precise characterization of AAV-AAVR ...Adeno-associated virus (AAV) is a leading vector for virus-based gene therapy. The receptor for AAV (AAVR; also named KIAA0319L) was recently identified, and the precise characterization of AAV-AAVR recognition is in immediate demand. Taking advantage of a particle-filtering algorithm, we report here the cryo-electron microscopy structure of the AAV2-AAVR complex at 2.8 Å resolution. This structure reveals that of the five Ig-like polycystic kidney disease (PKD) domains in AAVR, PKD2 binds directly to the spike region of the AAV2 capsid adjacent to the icosahedral three-fold axis. Residues in strands B and E, and the BC loop of AAVR PKD2 interact directly with the AAV2 capsid. The interacting residues in the AAV2 capsid are mainly in AAV-featured variable regions. Mutagenesis of the amino acids at the AAV2-AAVR interface reduces binding activity and viral infectivity. Our findings provide insights into the biology of AAV entry with high-resolution details, providing opportunities for the development of new AAV vectors for gene therapy. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 134.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 524.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 523.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ao-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982)
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Ao-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982)
超分子 | 名称: Ao-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 648242 / 生物種: Ao-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 280.0 Å |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: isolate Srivastava/1982 |
分子量 | 理論値: 58.644492 KDa |
配列 | 文字列: DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISSQSGASN DNHYFGYSTP WGYFDFNRFH CHFSPRDWQR LINNNWGFR PKRLNFKLFN IQVKEVTQND GTTTIANNLT STVQVFTDSE YQLPYVLGSA HQGCLPPFPA DVFMVPQYGY L TLNNGSQA ...文字列: DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISSQSGASN DNHYFGYSTP WGYFDFNRFH CHFSPRDWQR LINNNWGFR PKRLNFKLFN IQVKEVTQND GTTTIANNLT STVQVFTDSE YQLPYVLGSA HQGCLPPFPA DVFMVPQYGY L TLNNGSQA VGRSSFYCLE YFPSQMLRTG NNFTFSYTFE DVPFHSSYAH SQSLDRLMNP LIDQYLYYLS RTNTPSGTTT QS RLQFSQA GASDIRDQSR NWLPGPCYRQ QRVSKTSADN NNSEYSWTGA TKYHLNGRDS LVNPGPAMAS HKDDEEKFFP QSG VLIFGK QGSEKTNVDI EKVMITDEEE IRTTNPVATE QYGSVSTNLQ RGNRQAATAD VNTQGVLPGM VWQDRDVYLQ GPIW AKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLKHPP PQILIKNTPV PANPSTTFSA AKFASFITQY STGQVSVEIE WELQKENSKR WNPEI QYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVYSE PRPIGTRYLT RNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
詳細 | The AAV2 particles are purified fron 293T cell, with the yeild of approximately 10^12vg per 10L. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-19 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 1.53 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) ソフトウェア - 詳細: RELION2.1 was used for the final reconstruction software. 使用した粒子像数: 14434 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |