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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9649 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 8.0. | |||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM density map of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 8.0 | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | immature dengue virus / human antibody / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wirawan M / Fibriansah G | |||||||||||||||
資金援助 | シンガポール, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Mechanism of Enhanced Immature Dengue Virus Attachment to Endosomal Membrane Induced by prM Antibody. 著者: Melissa Wirawan / Guntur Fibriansah / Jan K Marzinek / Xin Xiang Lim / Thiam-Seng Ng / Adelene Y L Sim / Qian Zhang / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Scott A Smith / Chandra S Verma / ...著者: Melissa Wirawan / Guntur Fibriansah / Jan K Marzinek / Xin Xiang Lim / Thiam-Seng Ng / Adelene Y L Sim / Qian Zhang / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Scott A Smith / Chandra S Verma / Ganesh Anand / James E Crowe / Peter J Bond / Shee-Mei Lok / 要旨: Dengue virus (DENV) particles are released from cells in different maturation states. Fully immature DENV (immDENV) is generally non-infectious, but can become infectious when complexed with anti- ...Dengue virus (DENV) particles are released from cells in different maturation states. Fully immature DENV (immDENV) is generally non-infectious, but can become infectious when complexed with anti-precursor membrane (prM) protein antibodies. It is unknown how anti-prM antibody-coated particles can undergo membrane fusion since the prM caps the envelope (E) protein fusion loop. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of the immDENV:anti-prM complex at different pH values, mimicking the extracellular (pH 8.0) or endosomal (pH 5.0) environments. At pH 5.0, there are two structural classes with fewer antibodies bound than at pH 8.0. These classes may represent different maturation states. Molecular simulations, together with the measured high-affinity pr:antibody interaction (versus the weak pr:E interaction) and also the low pH cryo-EM structures, suggest how antibody:pr complex can dislodge from the E protein at low pH. This exposes the E protein fusion loop enhancing virus interaction with endosomes. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9649.map.gz | 293 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9649-v30.xml emd-9649.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9649_fsc.xml | 21.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9649.png | 249.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9649.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9649 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9649 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9649.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM density map of Immature Dengue virus serotype 3 in complex with human antibody 1H10 Fab at pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus 3 in complex with human antibody
全体 | 名称: Dengue virus 3 in complex with human antibody |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus 3 in complex with human antibody
超分子 | 名称: Dengue virus 3 in complex with human antibody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The virus was isolated from dengue patient. The immature dengue 3 virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody 1H10 was generated from EBV-immortalized PBMC ...詳細: The virus was isolated from dengue patient. The immature dengue 3 virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody 1H10 was generated from EBV-immortalized PBMC that was obtained from dengue patient. |
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-超分子 #4: Fab 1H10
超分子 | 名称: Fab 1H10 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Dengue virus 3
超分子 | 名称: Dengue virus 3 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11069 / 生物種: Dengue virus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-超分子 #3: Dengue virus 3
超分子 | 名称: Dengue virus 3 / タイプ: virus / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / NCBI-ID: 11069 / 生物種: Dengue virus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Envelope protein
分子 | 名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.682484 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) |
配列 | 文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA VLPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLEPIEGKV VQYENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST ...文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA VLPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLEPIEGKV VQYENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST TEAILPEYGT LGLECSPRTG LDFNEMILLT MKNKAWMVHR QWFFDLPLPW ASGATTETPT WNRKELLVTF KN AHAKKQE VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQNSGGTSIF AGHLKCRLKM DKLELKGMSY AMCTNTFVLK KEVSETQHGT ILI KVEYKG EDAPCKIPFS TEDGQGKAHN GRLITANPVV TKKEEPVNIE AEPPFGESNI VIGIGDNALK INWYKKGSSI GKMF EATAR GARRMAILGD TAWDFGSVGG VLNSLGKMVH QIFGSAYTAL FSGVSWVMKI GIGVLLTWIG LNSKNTSMSF SCIAI GIIT LYLGAVVQA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Premembrane protein
分子 | 名称: Premembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 3 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.686615 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) |
配列 | 文字列: FHLTSRDGEP RMIVGKNERG KSLLFKTASG INMCTLIAMD LGEMCDDTVT YKCPHITEVE PEDIDCWCNL TSTWVTYGTC NQAGEHRRD KRSVALAPHV GMGLDTRTQT WMSAEGAWRQ VEKVETWALR HPGFTILALF LAHYIGTSLT QKVVIFILLM L VTPSMT UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Fab 1H10 heavy chain (V-region)
分子 | 名称: Fab 1H10 heavy chain (V-region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.319042 KDa |
組換発現 | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS NFAMHWVRQA PGKGLEWVSL ISYDGSNKYN ADSVRGRFSI SRDNSKNTLY LQMNSLRLE DTAVYYCVRV RQPWTQAWST NYFYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPS |
-分子 #4: Fab 1H10 light chain (V-region)
分子 | 名称: Fab 1H10 light chain (V-region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.132362 KDa |
組換発現 | 生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGGSSNIG SSYVYWYKQV PGTAPKLLIY RNNERPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEADYYC AAWDDSLRGQ VFGGGTKLTV LGQPKAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |