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- EMDB-9610: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9610
タイトルRespiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
マップデータ
試料
  • 複合体: Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV supercomplex from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / : / electron transport coupled proton transport ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / : / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / : / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / LpqE protein ...Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / LpqE protein / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xu A / Gong HR / Ji WX / Gao RG / Wang SH / Li J / Wang Q / Rao ZH
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
National Natural Science Foundation of China813300237 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: An electron transfer path connects subunits of a mycobacterial respiratory supercomplex.
著者: Hongri Gong / Jun Li / Ao Xu / Yanting Tang / Wenxin Ji / Ruogu Gao / Shuhui Wang / Lu Yu / Changlin Tian / Jingwen Li / Hsin-Yung Yen / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Xiuna Yang / Yuna Sun / ...著者: Hongri Gong / Jun Li / Ao Xu / Yanting Tang / Wenxin Ji / Ruogu Gao / Shuhui Wang / Lu Yu / Changlin Tian / Jingwen Li / Hsin-Yung Yen / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Xiuna Yang / Yuna Sun / Xuemei Li / Minze Jia / Cheng Yang / Biao Jiang / Zhiyong Lou / Carol V Robinson / Luet-Lok Wong / Luke W Guddat / Fei Sun / Quan Wang / Zihe Rao /
要旨: We report a 3.5-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of a respiratory supercomplex isolated from It comprises a complex III dimer flanked on either side by individual complex IV ...We report a 3.5-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of a respiratory supercomplex isolated from It comprises a complex III dimer flanked on either side by individual complex IV subunits. Complex III and IV associate so that electrons can be transferred from quinol in complex III to the oxygen reduction center in complex IV by way of a bridging cytochrome subunit. We observed a superoxide dismutase-like subunit at the periplasmic face, which may be responsible for detoxification of superoxide formed by complex III. The structure reveals features of an established drug target and provides a foundation for the development of treatments for human tuberculosis.
履歴
登録2018年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月14日-
マップ公開2018年11月14日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6adq
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6adq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9610.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 95 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0452 / ムービー #1: 0.0452
最小 - 最大-0.27065414 - 0.5625258
平均 (標準偏差)0.0002480549 (±0.016874203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ292292292
Spacing292292292
セルA=B=C: 379.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z292292292
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z379.600379.600379.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS292292292
D min/max/mean-0.2710.5630.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9610_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_9610_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_9610_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV superc...

全体名称: Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV supercomplex from Mycobacterium smegmatis
要素
  • 複合体: Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV supercomplex from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
    • タンパク質・ペプチド: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
    • タンパク質・ペプチド: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
    • タンパク質・ペプチド: LpqE protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Rieske iron-sulfur protein QcrA
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV superc...

超分子名称: Superoxide dismutase in complex with bcc-aa3 type CIII-CIV supercomplex from Mycobacterium smegmatis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量実験値: 800 KDa

+
分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 38.077465 KDa
配列文字列: MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT ...文字列:
MTPRGFRVVA LSIVLGGSAL LLSGCSWSDA LALGWPTGIT PEAKLNRELW IGSVIASFAV GAIVWGLIFW TSAFHRKKAT DTELPRQFG YNMPLELTLT VIPFLIISVL FYFTVVVQER MMHKDPNPEV VIDVTAFQWN WKFGYQKIAF ADGSFDYDGA D PERKEAMT SRPEGKDEHG IEKVGPIRGM TPEDRTYLNF DKIETLGTSS EIPVLVLPAG KRIEFVLNSA DVIHGFWVPE FL FKRDVLP EPKANNSDNV FQVSEIQQTG AFVGRCTEMC GTFHAMMNFE VRVVEPNDFK AYIDQRNAGK TNAEALAAIN QPP LAITTE PFESRRGELV PQASK

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 64.162965 KDa
配列文字列: MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG ...文字列:
MVAEAPPIGE LEARRPFPER MGPKGNLIYK LITTTDHKLI GIMYCVVCFA FFLVGGLMAL FMRTELAMPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTV MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNALSFWLF LFGALIAIAG FITPGGAADF GWTAYSPLTD A IHSPGAGG DLWIMGLAVG GLGTILGGVN MITTVVCMRA PGMTMFRMPI FTWNILVTSI LVLIAFPILT AALFGLAADR HL GAHIYDP ANGGVLLWQH LFWFFGHPEV YIIALPFFGI VSEIFPVFSR KPIFGYTTLI YATLAIAALS VAVWAHHMYA TGA VLLPFF SFMTFLIAVP TGIKFFNWIG TMWKGQLTFE TPMLFSVGFL ITFLLGGLSG VLLASPPLDF HVTDSYFVIA HFHY VLFGT IVFATYAGIY FWFPKMTGRL LDERLGKLHF WLTFIGFHTT FLVQHWLGDE GMPRRYADYL PTDGFTTLNV ISTVG AFIL GVSMLPFVWN VFKSWRYGEP VTVDDPWGYG NSLEWATSCP PPRHNFTELP RIRSERPAFE LHYPHMVERM RAEAHV GRA HHPELETADK SS

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 22.196883 KDa
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAMYFTA RAQAGGAWPP EPTELNLALA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDVFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQGY EYIHLVEHGT TIPGSAYGSV FYLATGFHGL HVIGGLVAFV L LLARTKMS KFTPAQATAA IVVSYYWHFV DIVWIALFAT IYFVR

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 15.177424 KDa
配列文字列:
MHIEARLFEI LTAFFALAAV VYAVLTAMFA TGGVEWAGTT ALVLTTGLTL ITGTFFRFVA RRLDTRPEDY EDAEISDGAG ELGFFAPHS WWPILISLSF STAAVGAALW LPWLIAAGVA FVITSVCGLV FEYYWGPEKH

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 8.365549 KDa
配列文字列:
MSTALTHGLI GGVPLVLFAV LALIFLTRKG PHPDTYKMSD PWTHAPILWA AEEPREHGHG GHGHDSHGVV IGGGASGKW

+
分子 #6: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575

分子名称: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 15.910971 KDa
配列文字列:
MASGDIATVA NAELDLPYGS ALTSSGRISA VTEPGELSVH YPFPTMDLVV LDDALKYGSR AAKARFAVYI GPLGADTAAT AREILANVP TPENAVLLAV SPDQRAIEVV YGADVKGRGI ESAAPLGVSA AAASFKEGNL IDGLISAVRV MSAGVSPA

+
分子 #7: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1

分子名称: Prokaryotic respiratory supercomplex associate factor 1 PRSAF1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 11.329909 KDa
配列文字列:
MSSTQDRSQL DPEEQPVANT EVERHTGVDV EDVPSAEWGW SHMPIGVMHI GGLLSAAFLL VMMRGNHVGH VEDWFLIGFA AVIVALVGR NWWLRRRGWI R

+
分子 #8: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

分子名称: Superoxide dismutase [Cu-Zn] / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: superoxide dismutase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 23.232375 KDa
配列文字列: MLKPVSVAVL FATPVLALSA CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFAD GFATVTIETT TPGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ V RADGSGKL ...文字列:
MLKPVSVAVL FATPVLALSA CSPPGETASS EPGTTPAIWT GSPSPAAPSG EDHGGGHGAG AAGAGETLTA ELKTADGTSV ATADFQFAD GFATVTIETT TPGRLTPGFH GVHIHSVGKC EANSVAPTGG APGDFNSAGG HFQVSGHSGH PASGDLSSLQ V RADGSGKL VTTTDAFTAE DLLDGAKTAI IIHEKADNFA NIPPERYQQV NGAPGPDQTT MATGDAGSRV ACGVISAG

+
分子 #9: LpqE protein

分子名称: LpqE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 19.118969 KDa
配列文字列:
MNRFSSRAGL AVCGLATAVA LTACSAGQIS QTTTQEPAVN GVNAQAGQVS LRNVHLRAPQ QTDYVEPGTT VELLFVAAND STEGSNKLK SITSDVGEVT LTGDSTVPAD GVLIVGEPDG QIQAVENAEA ADAVTAEVEL TKPITNGLLY DFTFTFEDGE T TVAVPISA GEQPRRPVPP AGPGSSEH

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分子 #10: Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 60.27498 KDa
配列文字列: MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGFFGY S LPDDLLSG ...文字列:
MSPDFAKLAA AQGDAIDSRY HPSAAVRRQL NKVFPTHWSF LLGEIALYSF IILLLTGVWL TLFFDPSMAH VTYDGVYQPL RGVQMSRAY ETALDISFEV RGGLFVRQVH HWAALMFAAS IMVHLARIFF TGAFRRPREA NWVIGSLLLI LAMFEGFFGY S LPDDLLSG TGIRAALSGI TMGIPVIGTW MHWALFGGDF PGEILIPRLY ALHILLIPGI ILALIGAHLA LVWFQKHTQF PG PGRTETN VVGVRVMPVF AVKSGAFFAM ITGVLGLMGG LLTINPIWNL GPYKPSQVSA GSQPDFYMMW TDGLIRLWPA WEF YPFGHT IPQGVWVAVG MGLVFALLIA YPFIEKKVTG DDAHHNLLQR PRDVPVRTAI GSMAIALYLL LTFACMNDII ALKF HISLN ATTWIGRIGM VVLPAIVYFV AYRWAISLQR SDREVLEHGV ETGIIKRLPH GAYVELHQPL GPVDEHGHPI PLEYA GAPL PKRMNKLGSG GAPGTGSFLF PDPAVEHEAL TEAAHASEHK SLTALKEHQD RIHGNGETNG HH

+
分子 #11: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 30.857109 KDa
配列文字列: MDRAVRHHLL RPMNIGSPMS SMRRGSMTSK SRRRLRRRLS AGLLLLIGLA VAGGVAATLT PQPQVAVADE SQSALLRTGK QLFETSCVS CHGANLQGVP DRGPSLIGTG EAAVYFQVST GRMPAMRGEA QAPSKPPHFD ESQIDALGAY VQANGGGPTV P RDDHGAVA ...文字列:
MDRAVRHHLL RPMNIGSPMS SMRRGSMTSK SRRRLRRRLS AGLLLLIGLA VAGGVAATLT PQPQVAVADE SQSALLRTGK QLFETSCVS CHGANLQGVP DRGPSLIGTG EAAVYFQVST GRMPAMRGEA QAPSKPPHFD ESQIDALGAY VQANGGGPTV P RDDHGAVA QESLIGGDVA RGGDLFRLNC ASCHNFTGKG GALSSGKYAP DLGDANPAQI YTAMLTGPQN MPKFSDRQLT PD EKRDIVA YVRESAETPS YGGYGLGGFG PAPEGMAMWI IGMVAAIGVA MWIGSRA

+
分子 #12: Rieske iron-sulfur protein QcrA

分子名称: Rieske iron-sulfur protein QcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
分子量理論値: 46.383066 KDa
配列文字列: MDYRNGGRHR CGHVDRIASM SQDSPDIKGT DAPGQTGVPG QPTDAELAEM SREELVKLGG KIDGVETIFK EPRWPVPGTK AEKRTERLV AYWLMLGGLS GLALLLVFLF WPWEYQPFGS EGEFLYSLAT PLYGLTFGLS ILSIGIGAVL FQKKFIPEEI S VQDRHDGR ...文字列:
MDYRNGGRHR CGHVDRIASM SQDSPDIKGT DAPGQTGVPG QPTDAELAEM SREELVKLGG KIDGVETIFK EPRWPVPGTK AEKRTERLV AYWLMLGGLS GLALLLVFLF WPWEYQPFGS EGEFLYSLAT PLYGLTFGLS ILSIGIGAVL FQKKFIPEEI S VQDRHDGR SPEVHRKTVA ANLTDALEGS TLKRRKVIGL SLGIGLGAFG AGTLVAFIGG LIKNPWKPVV PTAEGKKAVL WT SGWTPRF KGETIYLARA TGRPGESPFV KMRPEDIDAG GMETVFPWRE SDGDGTTVES EHKLTEIAMG VRNPVMLIRI KPA DMHRVI KRKGQESFNF GELFAYTKVC SHLGCPSSLY EQQTYRILCP CHQSQFDALE FAKPIFGPAA RALAQLPITI DEDG YLVAN GDFVEPVGPA FWERKS

+
分子 #13: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 8 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #14: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 18 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)...

分子名称: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: 9Y0
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

+
分子 #17: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #18: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

分子名称: (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: 9XX
分子量理論値: 594.992 Da
Chemical component information

ChemComp-9XX:
(2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

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分子 #19: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 8 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

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分子 #20: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #21: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 10 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

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分子 #22: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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分子 #23: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 46.4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 202215
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6adq:
Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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