+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TPeA-bound closed MthK channel in nanodisc | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ion channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Fan C / Nimigean CM | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Calcium-gated potassium channel blockade via membrane-facing fenestrations. 著者: Chen Fan / Emelie Flood / Nattakan Sukomon / Shubhangi Agarwal / Toby W Allen / Crina M Nimigean / ![]() ![]() ![]() 要旨: Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because ...Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because blocker entry was assumed through the intracellular entryway (bundle crossing), closed-pore access suggested that the gate was not at the bundle crossing. Structures of closed MthK, a Methanobacterium thermoautotrophicum homolog of BK channels, revealed a tightly constricted intracellular gate, leading us to investigate the membrane-facing fenestrations as alternative pathways for blocker access directly from the membrane. Atomistic free energy simulations showed that intracellular blockers indeed access the pore through the fenestrations, and a mutant channel with narrower fenestrations displayed no closed-state TPeA block at concentrations that blocked the wild-type channel. Apo BK channels display similar fenestrations, suggesting that blockers may use them as access paths into closed channels. Thus, membrane fenestrations represent a non-canonical pathway for selective targeting of specific channel conformations, opening novel ways to selectively drug BK channels. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 193.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 393 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 392.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5bkjMC ![]() 9405C ![]() 9407C ![]() 5bkiC ![]() 5bkkC ![]() 8djbC ![]() 8fz7C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : MthK
全体 | 名称: MthK |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: MthK
超分子 | 名称: MthK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Calcium-gated potassium channel MthK
分子 | 名称: Calcium-gated potassium channel MthK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 37.35616 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVLVIEIIRK HLPRVLKVPA TRILLLVLAV IIYGTAGFHF IEGESWTVSL YWTFVTIATV GYGDYSPSTP LGMYFTVTLI VLGIGTFAV AVERLLEFLI NREQMKLMGL IDVAKSRHVV ICGWSESTLE CLRELRGSEV FVLAEDENVR KKVLRSGANF V HGDPTRVS ...文字列: MVLVIEIIRK HLPRVLKVPA TRILLLVLAV IIYGTAGFHF IEGESWTVSL YWTFVTIATV GYGDYSPSTP LGMYFTVTLI VLGIGTFAV AVERLLEFLI NREQMKLMGL IDVAKSRHVV ICGWSESTLE CLRELRGSEV FVLAEDENVR KKVLRSGANF V HGDPTRVS DLEKANVRGA RAVIVDLESD SETIHCILGI RKIDESVRII AEAERYENIE QLRMAGADQV ISPFVISGRL MS RSIDDGY EAMFVQDVLA EESTRRMVEV PIPEGSKLEG VSVLDADIHD VTGVIIIGVG RGDELIIDPP RDYSFRAGDI ILG IGKPEE IERLKNYISA UniProtKB: Calcium-gated potassium channel MthK |
-分子 #2: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PGW |
---|---|
分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
---|---|
分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: 1-(tripentyl-$l^{4}-azanyl)pentane
分子 | 名称: 1-(tripentyl-$l^{4}-azanyl)pentane / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: YQ1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 298.57 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-YQ1: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 52.23 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80904 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |