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- EMDB-9392: Bacteriophage L virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9392
タイトルBacteriophage L virion
マップデータ1/8th of the virion for phage L-segmentation shows capsid protein only
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage L (ファージ)
機能・相同性Dec protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage L (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Parent KN / Schrad JR
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The phage L capsid decoration protein has a novel OB-fold and an unusual capsid binding strategy.
著者: Rebecca L Newcomer / Jason R Schrad / Eddie B Gilcrease / Sherwood R Casjens / Michael Feig / Carolyn M Teschke / Andrei T Alexandrescu / Kristin N Parent /
要旨: The major coat proteins of dsDNA tailed phages (order ) and herpesviruses form capsids by a mechanism that includes active packaging of the dsDNA genome into a precursor procapsid, followed by ...The major coat proteins of dsDNA tailed phages (order ) and herpesviruses form capsids by a mechanism that includes active packaging of the dsDNA genome into a precursor procapsid, followed by expansion and stabilization of the capsid. These viruses have evolved diverse strategies to fortify their capsids, such as non-covalent binding of auxiliary 'decoration' (Dec) proteins. The Dec protein from the P22-like phage L has a highly unusual binding strategy that distinguishes between nearly identical three-fold and quasi-three-fold sites of the icosahedral capsid. Cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction were employed to determine the structure of native phage L particles. NMR was used to determine the structure/dynamics of Dec in solution. The NMR structure and the cryo-EM density envelope were combined to build a model of the capsid-bound Dec trimer. Key regions that modulate the binding interface were verified by site-directed mutagenesis.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月2日-
登録2019年1月4日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2019年3月27日-
現状2019年3月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9392.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈1/8th of the virion for phage L-segmentation shows capsid protein only
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.26 Å/pix.
x 272 pix.
= 342.72 Å		1.26 Å/pix.
x 272 pix.
= 342.72 Å		1.26 Å/pix.
x 272 pix.
= 342.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.26 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.18 / ムービー #1: 2.18
最小 - 最大-8.963733 - 17.443864999999999
平均 (標準偏差)0.000000000000033 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-136-136-136
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 342.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.261.261.26
M x/y/z272272272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.720342.720342.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-136-136-136
NX/NY/NZ272272272
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-136-136-136
NC/NR/NS272272272
D min/max/mean-8.96417.4440.000

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添付データ

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追加マップ: single Dec trimer segmented from phage L virion map

ファイルemd_9392_additional.map
注釈single Dec trimer segmented from phage L virion map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage L

全体名称: Enterobacteria phage L (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage L (ファージ)

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超分子 #1: Enterobacteria phage L

超分子名称: Enterobacteria phage L / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 45441 / 生物種: Enterobacteria phage L / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 60 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: coat protein / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 mMC4H11NO3Tris
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 100.0 nm / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細concentration is 1x10^12 phage/mL

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-53 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 494 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.49 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.35 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細images were motion corrected and also particles were corrected for damage compensation
CTF補正ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. v4.01.07) / 詳細: estimated manually
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: random model computation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. v4.01.07) / 使用した粒子像数: 7879
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. v4.01.07)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. v4.01.07)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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