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万見
- EMDB-9023: In situ structure of 96-nm repeat unit of Tetrahymena ciliary axo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9023
タイトルIn situ structure of 96-nm repeat unit of Tetrahymena ciliary axoneme by TYGRESS method
マップデータIn situ structure of 96 nm repeat unit from intact Tetrahymena ciliary axoneme resolved by a newly developed TYGRESS method
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 96 nm repeat unit from Tetrahymena ciliary axoneme
生物種Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Song K / Shang Z / Fu X / Lou X / Grigorieff N / Nicastro D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesRO1 GM111506 米国
引用
ジャーナル: Nat Methods / 年: 2020
タイトル: In situ structure determination at nanometer resolution using TYGRESS.
著者: Kangkang Song / Zhiguo Shang / Xiaofeng Fu / Xiaochu Lou / Nikolaus Grigorieff / Daniela Nicastro /
要旨: The resolution of subtomogram averages calculated from cryo-electron tomograms (cryo-ET) of crowded cellular environments is often limited owing to signal loss in, and misalignment of, the ...The resolution of subtomogram averages calculated from cryo-electron tomograms (cryo-ET) of crowded cellular environments is often limited owing to signal loss in, and misalignment of, the subtomograms. By contrast, single-particle cryo-electron microscopy (SP-cryo-EM) routinely reaches near-atomic resolution of isolated complexes. We report a method called 'tomography-guided 3D reconstruction of subcellular structures' (TYGRESS) that is a hybrid of cryo-ET and SP-cryo-EM, and is able to achieve close-to-nanometer resolution of complexes inside crowded cellular environments. TYGRESS combines the advantages of SP-cryo-EM (images with good signal-to-noise ratio and contrast, as well as minimal radiation damage) and subtomogram averaging (three-dimensional alignment of macromolecules in a complex sample). Using TYGRESS, we determined the structure of the intact ciliary axoneme with up to resolution of 12 Å. These results reveal many structural details that were not visible by cryo-ET alone. TYGRESS is generally applicable to cellular complexes that are amenable to subtomogram averaging.
#1: ジャーナル: biorXiv
タイトル: Structure of the ciliary axoneme at nanometer resolution reconstructed by TYGRESS
著者: Song K / Shang Z / Fu X / Lou X / Grigorieff N / Nicastro D
履歴
登録2018年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2020年2月19日-
現状2020年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0078
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9023.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ structure of 96 nm repeat unit from intact Tetrahymena ciliary axoneme resolved by a newly developed TYGRESS method
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.11 Å/pix.
x 600 pix.
= 1267.2 Å		2.11 Å/pix.
x 600 pix.
= 1267.2 Å		2.11 Å/pix.
x 600 pix.
= 1267.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.112 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0078 / ムービー #1: 0.0078
最小 - 最大-0.016238 - 0.027837448
平均 (標準偏差)0.00016155842 (±0.0046692295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 1267.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.1122.1122.112
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1267.2001267.2001267.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-532-20
NX/NY/NZ1019393
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0160.0280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 96 nm repeat unit from Tetrahymena ciliary axoneme

全体名称: 96 nm repeat unit from Tetrahymena ciliary axoneme
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 96 nm repeat unit from Tetrahymena ciliary axoneme

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超分子 #1: 96 nm repeat unit from Tetrahymena ciliary axoneme

超分子名称: 96 nm repeat unit from Tetrahymena ciliary axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物) / Organelle: Cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 9400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: TYGRESS was used for the reconstruction method / 使用した粒子像数: 18857
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: From subtomogram alignment
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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