PDB-8v9p: Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with (3S)-diox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v9p

タイトル

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with (3S)-dioxindolyl-L-alanine

要素

Tryptophanase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / fold I / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophanase activity / tryptophanase
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structural Snapshots of Proteus vulgaris Tryptophan Indole-Lyase Reveal Insights into the Catalytic Mechanism.
著者: Phillips, R.S. / Brown, S.M. / Patel, R.S.

履歴

登録	2023年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v9p.cif.gz	897.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v9p.ent.gz	616.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8v9p_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v9p_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8v9p_validation.xml.gz	76.8 KB	表示
CIF形式データ	8v9p_validation.cif.gz	110.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/8v9p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8v6pC 9blvC 9bnjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophanase

B: Tryptophanase

C: Tryptophanase

D: Tryptophanase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.342, 112.717, 119.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Tryptophanase / L-tryptophan indole-lyase / TNase 分子量: 52558.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: tnaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28796, tryptophanase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-YQK / (2~{E})-2-[(~{Z})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]-1~{H}-pyridin-4-ylidene]methyl]imino-3-[(3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-indol-3-yl]propanoic acid 分子量: 465.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 22% PEG 4000, 0.2 M CsCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.845→61.87 Å / Num. obs: 76925 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.03 Å² / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.845→1.87 Å / Num. unique obs: 3846 / CC_1/2: 0.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		data processing
STARANISO		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→61.87 Å / SU ML: 0.2489 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0256
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2466	3856	5.02 %
R_work	0.199	72990	-
obs	0.2014	76846	50.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→61.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14816	0	72	1128	16016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	15422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6115	20885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0458	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	2726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7083	5791

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.254646757465	-0.168765294701	-0.115355703129	0.30812096546	-0.0979039491967	0.222320118055	-0.00657448926952	-0.05683205261	0.144175908293	0.182752718088	0.0201537420143	-0.0916004894433	-0.0794657288337	0.0610801964995	0.0342390243865	0.0590967416511	-0.0838329633507	0.0237470303518	0.00714679605467	-0.0439996985211	0.0382206574497	11.5569240302	24.440531192	29.0399102547
2	0.727774038101	0.157715044652	-0.0845896845674	1.0792489913	-0.242198638171	0.211561941736	0.0446399846748	0.0843436689083	0.158023441585	-0.0208216797419	0.00868678752485	-0.0816768650547	-0.130513269604	-0.0304434653741	-0.0160334459137	0.162277480027	0.000683121569114	0.0506391147734	0.0398185841546	0.0516657355908	0.170682741955	11.4853330404	45.5368193448	15.1666820172
3	0.257092620714	0.0224300329813	-0.081599577657	0.217595933544	-0.0648834282545	0.325791999041	0.0275178540093	0.0876901611689	0.191193433701	0.0702649758367	-0.0249159977365	0.12142752491	-0.192448297711	-0.151490691451	0.0539991170516	0.0378230406988	0.0484267154054	0.0399730167757	0.0390050626321	0.0346843051421	0.127801998648	3.23796953368	35.6863633663	17.7200567905
4	0.942074839014	0.0179211139954	0.611284951204	0.57375140663	0.075998884396	0.483107978271	-0.0589473321207	0.0401749257961	0.388800636899	-0.011546614826	0.0318404960783	-0.255900697084	-0.311768127306	0.110503331586	0.0497417991254	0.305659797395	-0.043845521564	0.0684720600893	0.0603997466848	-0.0361270952167	0.243767893636	14.5711450755	44.7918192707	35.6915514815
5	0.738071281172	-0.307701457983	-0.15564226848	0.256276489514	-0.190125285847	0.54288482692	0.0269581823195	-0.229703913217	0.38948893772	0.131653978742	0.00434951470702	-0.254885810368	-0.423304286554	0.275106633571	-0.100543838979	0.407285642395	-0.0933267703204	0.0619040912779	0.187409493705	-0.0846917481099	0.308011392664	20.7092518849	42.7855198161	40.5795460336
6	0.239052746362	-0.0532831346874	0.0954796299767	0.303936304329	-0.00309807275114	0.125074346285	-0.000472972894598	0.112573654922	0.00383969854192	-0.0293577634084	-0.0868756393049	-0.00297149445957	0.00479642427844	-0.020257609072	-0.105242827159	0.0670321813129	-0.0267511091386	-0.0567569127246	0.0754075075855	-0.0408678296982	0.0453673912273	21.8076271998	10.0897424183	16.3279982128
7	1.05968658811	0.0426535016425	-0.651554741346	0.00963614063175	-0.0999379741974	1.08297704612	0.016242206977	-0.0346581418445	0.256739262736	0.000629545394754	-0.0405866899499	-0.0326615902746	-0.119925874882	0.195123655012	-0.0581368578713	0.0555676263681	-0.00741552412553	0.0242971138078	0.118839003606	0.0968745260318	0.251299419532	38.5736759546	31.4477316921	9.34295027119
8	2.0923703791	-0.6830396156	-0.538612613806	0.697356225998	0.327821814622	0.529766332863	0.0480864241052	0.211956481389	-0.0296212530292	-0.0853219790658	-0.118643634627	-0.0555182650962	0.0102299848992	-0.016327257349	0.0713740491404	0.0694395844068	0.0383703798558	0.0555128425771	0.20517060551	0.102057661388	0.200624688718	38.1113289085	23.1857087361	1.26707543694
9	0.242099432186	0.0138886430223	0.0471888508653	0.0386921272172	0.0637043425222	0.109320451006	0.0292873234162	0.028521675344	0.0672237468734	-0.00113327316523	0.0246232972492	-0.226805745278	-0.035993502281	0.104991891286	0.0767272273438	-0.0697010895004	-0.0617181665944	-0.00846302758131	0.0794185855159	0.0435455077786	0.306035530975	42.8667404542	17.7885203677	13.2340108865
10	0.333813783156	0.0614624807383	0.0629011330319	0.169344122951	0.116878087453	0.176387482978	0.01097052397	-0.00643860408406	-0.0612492225006	0.00315964942602	0.00775894815928	-0.0752026570144	0.00917590074537	0.0316240447662	-0.0342162041726	0.010312534463	-0.0267650208819	-0.0221155603875	0.0240011564286	0.0180797506192	0.0825682962247	29.6638656288	7.13201035452	17.3555178077
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23	-0.00187091654705	0.00561035284733	0.003801062644	0.088306486141	0.138922053539	0.232327076393	-0.0317376959383	0.0751213345788	-0.0816343044066	-0.0160985222906	0.0505414211871	-0.0322207644181	0.148354169737	-0.080898678035	0.133880166038	0.129755229102	-0.136951947313	0.00913446952999	-0.0210133318667	-0.136500450653	-0.000315537877127	-1.02418642173	-17.1449403352	23.5353169852
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 99 )	A	A	2 - 99	1 - 98
2	2	chain 'A' and (resid 100 through 168 )	A	A	100 - 168	99 - 167
3	3	chain 'A' and (resid 169 through 341 )	A	A	169 - 341	168 - 340
4	4	chain 'A' and (resid 342 through 423 )	A	A	342 - 423	341 - 422
5	5	chain 'A' and (resid 424 through 467 )	A	A	424 - 467	423 - 466
6	6	chain 'B' and (resid 2 through 99 )	B	E	2 - 99	1 - 98
7	7	chain 'B' and (resid 100 through 132 )	B	E	100 - 132	99 - 131
8	8	chain 'B' and (resid 133 through 155 )	B	E	133 - 155	132 - 154
9	9	chain 'B' and (resid 156 through 295 )	B	E	156 - 295	155 - 294
10	10	chain 'B' and (resid 296 through 342 )	B	E	296 - 342	295 - 341
11	11	chain 'B' and (resid 343 through 371 )	B	E	343 - 371	342 - 370
12	12	chain 'B' and (resid 372 through 423 )	B	E	372 - 423	371 - 422
13	13	chain 'B' and (resid 424 through 467 )	B	E	424 - 467	423 - 466
14	14	chain 'C' and (resid 2 through 99 )	C	G	2 - 99	1 - 98
15	15	chain 'C' and (resid 100 through 132 )	C	G	100 - 132	99 - 131
16	16	chain 'C' and (resid 133 through 190 )	C	G	133 - 190	132 - 189
17	17	chain 'C' and (resid 191 through 342 )	C	G	191 - 342	190 - 341
18	18	chain 'C' and (resid 343 through 437 )	C	G	343 - 437	342 - 436
19	19	chain 'C' and (resid 438 through 467 )	C	G	438 - 467	437 - 466
20	20	chain 'D' and (resid 2 through 99 )	D	K	2 - 99	1 - 98
21	21	chain 'D' and (resid 100 through 132 )	D	K	100 - 132	99 - 131
22	22	chain 'D' and (resid 133 through 190 )	D	K	133 - 190	132 - 189
23	23	chain 'D' and (resid 191 through 342 )	D	K	191 - 342	190 - 341
24	24	chain 'D' and (resid 343 through 423 )	D	K	343 - 423	342 - 422
25	25	chain 'D' and (resid 424 through 467 )	D	K	424 - 467	423 - 466

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関連情報:EMDBヘッダ

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