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- PDB-8uh0: SOS2 co-crystal structure with fragment bound (compound 10) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uh0
タイトルSOS2 co-crystal structure with fragment bound (compound 10)
要素Son of sevenless homolog 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / SOS2 / Nucleotide Exchange Factor / GEF / KRAS / RAS / Fragment screening / FBLD
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / regulation of T cell proliferation / NRAGE signals death through JNK / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of pro-B cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / regulation of T cell proliferation / NRAGE signals death through JNK / B cell homeostasis / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G alpha (12/13) signalling events / insulin receptor signaling pathway / Ras protein signal transduction / protein heterodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxyquinoline-2-carbonitrile / Son of sevenless homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Lawson, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Five SOS2 Fragment Hits with Binding Modes Determined by SOS2 X-Ray Cocrystallography.
著者: Smith, C.R. / Chen, D. / Christensen, J.G. / Coulombe, R. / Fethiere, J. / Gunn, R.J. / Hollander, J. / Jones, B. / Ketcham, J.M. / Khare, S. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Marx, M.A. / ...著者: Smith, C.R. / Chen, D. / Christensen, J.G. / Coulombe, R. / Fethiere, J. / Gunn, R.J. / Hollander, J. / Jones, B. / Ketcham, J.M. / Khare, S. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Marx, M.A. / Olson, P. / Pearson, K.E. / Ren, C. / Tsagris, D. / Ulaganathan, T. / Van't Veer, I. / Wang, X. / Ivetac, A.
履歴
登録2023年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Son of sevenless homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9432
ポリマ－56,7731
非ポリマー1701
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.616, 52.759, 61.103
Angle α, β, γ (deg.)84.95, 83.89, 67.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Son of sevenless homolog 2 / SOS-2


分子量: 56773.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07890
#2: 化合物 ChemComp-WRN / 8-hydroxyquinoline-2-carbonitrile / 8-ヒドロキシキノリン-2-カルボニトリル


分子量: 170.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3350, 9 mM fragment

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→50 Å / Num. obs: 9052 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 39.81 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.73→2.91 Å / Num. unique obs: 2070 / CC1/2: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.73→48.64 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.72 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 443 4.9 %
Rwork0.2213 --
obs0.2238 9048 56.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3613 0 0 63 3676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4611389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003644
LS精密化 シェル解像度: 3.94→10 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 217 -
Rwork0.1985 3966 -
obs--79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0318-0.0282-0.01150.02180.00930.0041-0.0398-0.03390.07930.0159-0.01140.03340.0243-0.0551-0.03110.34570.34490.05490.4236-0.38110.448113.684651.171315.9293
20.00840.00930.00210.0086-0.00430.01230.08620.03870.13160.04750.1199-0.06920.0578-0.059300.40730.07390.06020.6735-0.05390.55485.034845.39697.4707
30.02110.0262-0.10720.0446-0.13730.64430.0695-0.3284-0.04960.08650.24510.0453-0.0281-0.23170.07750.14730.02550.030.5185-0.07710.33266.365837.100112.1718
40.326-0.11430.12240.0610.0090.17950.0743-0.255-0.0693-0.17770.0830.01290.2218-0.21280.05650.5484-0.0003-0.11490.2232-0.00460.248115.894234.85998.8595
50.58630.08530.24410.01410.01860.28110.2812-0.56240.03830.0517-0.00390.17380.1645-0.33720.07190.48790.0102-0.00230.3290.00830.244521.494231.285815.1476
60.0730.0456-0.01530.14590.03530.02690.0268-0.0258-0.14020.08560.01770.00190.3137-0.19570.010.8494-0.16870.01370.36980.02390.264323.476113.778815.9692
71.7464-0.11220.07840.2304-0.3272.0399-0.52640.6617-0.1162-0.0541-0.1113-0.253-0.55410.6545-1.76330.30020.0160.03020.28470.0315-0.047115.205-0.1776-12.6218
80.68480.1467-0.16530.27830.07350.4515-0.00910.3256-0.0445-0.185-0.03160.224-0.1017-0.07380.00980.13920.03-0.00220.15170.00170.23890.8042.6512-13.4954
90.21280.1475-0.10930.0876-0.0680.1421-0.22730.33410.2026-0.1292-0.2208-0.0959-0.0094-0.0079-1.0380.0668-0.0374-0.26730.30870.2190.374511.910313.9508-4.3616
100.3339-0.04320.21540.083-0.00520.1681-0.19470.5789-0.1345-0.4606-0.0738-0.1075-0.06290.2701-0.38990.4964-0.1730.17870.3888-0.12010.180311.4386-6.3767-29.4162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 565 through 573 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 574 through 586 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 596 through 618 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 619 through 652 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 672 through 722 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 723 through 757 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 758 through 862 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 863 through 941 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 942 through 999 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1000 through 1041 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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