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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u6t | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(3-acryloyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)ethoxy)phenoxy)-2-naphthonitrile (JLJ758), a non-nucleoside inhibitor | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / REVERSE TRANSCRIPTASE / ANTIVIRAL / DRUG DESIGN / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prucha, G. / Henry, S. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Covalent and noncovalent strategies for targeting Lys102 in HIV-1 reverse transcriptase. 著者: Prucha, G.R. / Henry, S. / Hollander, K. / Carter, Z.J. / Spasov, K.A. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8u69C ![]() 8u6aC ![]() 8u6bC ![]() 8u6cC ![]() 8u6dC ![]() 8u6eC ![]() 8u6fC ![]() 8u6gC ![]() 8u6hC ![]() 8u6iC ![]() 8u6jC ![]() 8u6kC ![]() 8u6lC ![]() 8u6mC ![]() 8u6nC ![]() 8u6oC ![]() 8u6pC ![]() 8u6qC ![]() 8u6rC ![]() 8u6sC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63932.180 Da / 分子数: 1 / 変異: C879S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 41分子 ![](data/chem/img/VO8.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-VO8 / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM MES pH 5.5, 17.5% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine PH範囲: 5.5-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.248→98.148 Å / Num. obs: 69127 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 58.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.248→2.287 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.986 / Num. unique obs: 3386 / CC1/2: 0.34 / Rpim(I) all: 1.589 / Rrim(I) all: 2.552 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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