PDB-8se6: NKG2D complexed with inhibitor 36

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8se6

タイトル

NKG2D complexed with inhibitor 36

要素

NKG2-D type II integral membrane protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / NKG2D / DEL / cryptic pocket / immunoreceptors / Immune System / SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Development of small molecule inhibitors of natural killer group 2D receptor (NKG2D).
著者: Wang, J. / Nakafuku, K.M. / Ziff, J. / Gelin, C.F. / Gholami, H. / Thompson, A.A. / Karpowich, N.K. / Limon, L. / Coate, H.R. / Damm-Ganamet, K.L. / Shih, A.Y. / Grant, J.C. / Cote, M. / Mak, ...

履歴

登録	2023年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8se6.cif.gz	121.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8se6.ent.gz	92.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8se6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8se6_validation.pdf.gz	864.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8se6_full_validation.pdf.gz	866.5 KB	表示
XML形式データ	8se6_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	8se6_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8se5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NKG2-D type II integral membrane protein

B: NKG2-D type II integral membrane protein

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.041, 43.483, 64.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-448- HOH
2	1	B-496- HOH

#1: タンパク質	NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor 分子量: 14880.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZWA / N-[(1S)-2-(dimethylamino)-2-oxo-1-{3-[3-(2,2,2-trifluoroethyl)azetidin-1-yl]phenyl}ethyl]-4'-(trifluoromethyl)[1,1'-biphenyl]-2-carboxamide 分子量: 563.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₇F₆N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 - 0.22 M NaNO3, 20- 31 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→62.58 Å / Num. obs: 52859 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 172740
反射シェル	解像度: 1.36→1.38 Å / % possible obs: 49.1 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.778 / Num. measured all: 3361 / Num. unique obs: 1395 / CC_1/2: 0.713 / R_pim(I) all: 0.573 / R_rim(I) all: 0.972 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.36→43.44 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	2617	4.96 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1948	52815	91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→43.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1958	0	93	162	2213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2112
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	2848
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.562	294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.38	0.4875	86	0.3875	1395	X-RAY DIFFRACTION	49
1.38-1.41	0.3954	90	0.3571	1653	X-RAY DIFFRACTION	58
1.41-1.44	0.359	105	0.3346	1965	X-RAY DIFFRACTION	67
1.44-1.47	0.3612	136	0.321	2350	X-RAY DIFFRACTION	82
1.47-1.51	0.2967	165	0.2929	2643	X-RAY DIFFRACTION	93
1.51-1.54	0.2764	152	0.2641	2777	X-RAY DIFFRACTION	96
1.54-1.58	0.2663	170	0.24	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
1.58-1.63	0.2042	138	0.2263	2823	X-RAY DIFFRACTION	97
1.63-1.68	0.2602	137	0.2126	2856	X-RAY DIFFRACTION	97
1.68-1.74	0.219	143	0.2017	2827	X-RAY DIFFRACTION	98
1.74-1.81	0.2052	146	0.194	2840	X-RAY DIFFRACTION	98
1.81-1.9	0.1838	129	0.1862	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-2	0.2164	147	0.183	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.12	0.1933	148	0.1771	2865	X-RAY DIFFRACTION	99
2.12-2.29	0.1994	136	0.1788	2939	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.52	0.1861	137	0.1749	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.88	0.1822	140	0.1829	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.63	0.1902	159	0.1846	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-43.44	0.1925	153	0.1732	3008	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.896	1.6313	-0.7396	3.3381	-1.1279	1.8367	-0.0063	0.0144	0.0982	-0.0122	0.0133	0.3192	-0.1306	-0.1302	-0.0088	0.1388	0.0047	0.0011	0.1595	-0.006	0.1111	-2.6819	-15.6076	14.141
2	3.7714	0.319	-0.3838	2.5539	0.0843	4.3914	-0.0005	0.1315	-0.3854	-0.2781	0.0394	0.0338	0.2449	0.0091	-0.0374	0.1682	0.0046	-0.0132	0.1091	-0.027	0.1718	0.5479	-26.4797	11.9975
3	3.9653	-1.3383	-0.554	2.5417	-1.7871	4.5598	-0.0024	0.0552	-0.2507	-0.1284	-0.0357	0.1637	0.3456	-0.09	0.0289	0.2247	-0.0246	-0.0672	0.1268	-0.0508	0.3083	-1.2941	-34.5787	11.5376
4	2.713	0.7101	-0.7557	3.6408	0.0313	1.041	0.0682	0.0191	-0.2796	-0.1401	-0.0195	0.1094	0.0552	-0.0822	-0.0664	0.1336	-0.0134	-0.0107	0.1614	-0.0118	0.1702	-1.5738	-26.7439	16.8153
5	0.0546	-0.0621	-0.2708	0.7126	0.5968	3.9517	-0.0682	0.3783	-0.2455	-0.148	0.0139	0.2345	-0.332	0.0931	0.0677	0.2381	-0.0097	-0.0161	0.2077	0.0008	0.2007	5.59	-6.6929	6.7488
6	4.3881	-1.517	2.9388	3.6281	-0.7739	4.3823	0.0121	0.1472	0.0078	-0.1761	0.0032	0.0213	-0.1147	-0.0192	0.058	0.1947	-0.0327	0.0046	0.1561	0.0053	0.114	10.8966	-8.4843	13.4605
7	4.5286	1.0018	2.2031	1.6101	-0.3798	7.4778	0.044	0.6825	-0.515	-0.2322	0.1657	-0.236	0.0857	0.4143	-0.1775	0.1304	-0.016	0.0612	0.2752	-0.0668	0.1952	26.707	-11.0226	15.5829
8	3.2825	-0.822	0.8972	2.7541	0.0881	1.8856	-0.0895	-0.023	-0.0404	0.0191	0.0255	0.1318	-0.1079	-0.0623	0.0483	0.1219	-0.0029	0.0209	0.1093	-0.0007	0.078	14.6278	-6.294	22.1623
9	8.2161	1.571	4.8948	2.9444	3.3215	5.0694	-0.3717	-0.4661	1.2709	0.7382	0.258	-0.9435	-0.7365	0.4068	0.104	0.4367	-0.0392	-0.0984	0.275	-0.0613	0.3959	24.4734	2.67	26.989
10	2.4175	0.9052	-0.7328	2.6302	-1.8134	3.7616	-0.2244	0.1942	0.5156	-0.2054	0.0388	0.0424	-0.3138	0.0969	0.1701	0.2896	-0.0363	-0.0654	0.1592	0.0085	0.2844	16.9645	3.1212	25.6819
11	2.9931	-0.0379	0.6947	1.3736	0.6671	1.9243	-0.0671	0.0033	-0.0552	0.0343	0.0489	-0.1317	-0.0428	0.1069	0.0155	0.1083	-0.0141	0.0254	0.1104	0.0115	0.1114	21.0695	-8.6493	26.0354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 92 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 188 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 189 through 216 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 92 through 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 104 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 115 through 130 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 131 through 159 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 160 through 168 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 169 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 180 through 215 )

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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