+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8se6 | ||||||
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Title | NKG2D complexed with inhibitor 36 | ||||||
Components | NKG2-D type II integral membrane protein | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / NKG2D / DEL / cryptic pocket / immunoreceptors / Immune System / SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-ZWA / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.36 Å | ||||||
Authors | Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2023 Title: Development of small molecule inhibitors of natural killer group 2D receptor (NKG2D). Authors: Wang, J. / Nakafuku, K.M. / Ziff, J. / Gelin, C.F. / Gholami, H. / Thompson, A.A. / Karpowich, N.K. / Limon, L. / Coate, H.R. / Damm-Ganamet, K.L. / Shih, A.Y. / Grant, J.C. / Cote, M. / ...Authors: Wang, J. / Nakafuku, K.M. / Ziff, J. / Gelin, C.F. / Gholami, H. / Thompson, A.A. / Karpowich, N.K. / Limon, L. / Coate, H.R. / Damm-Ganamet, K.L. / Shih, A.Y. / Grant, J.C. / Cote, M. / Mak, P.A. / Pascual, H.A. / Rives, M.L. / Edwards, J.P. / Venable, J.D. / Venkatesan, H. / Shi, Z. / Allen, S.J. / Sharma, S. / Kung, P.P. / Shireman, B.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8se6.cif.gz | 121.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8se6.ent.gz | 92.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8se6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8se6_validation.pdf.gz | 864.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8se6_full_validation.pdf.gz | 866.5 KB | Display | |
Data in XML | 8se6_validation.xml.gz | 13.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8se6_validation.cif.gz | 18.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8se5C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14880.832 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P26718 #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-ZWA / | #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.15 - 0.22 M NaNO3, 20- 31 % (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.36→62.58 Å / Num. obs: 52859 / % possible obs: 91.1 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 172740 |
Reflection shell | Resolution: 1.36→1.38 Å / % possible obs: 49.1 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Num. measured all: 3361 / Num. unique obs: 1395 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.573 / Rrim(I) all: 0.972 / Net I/σ(I) obs: 1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.36→43.44 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.36→43.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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