PDB-8se5: NKG2D complexed with inhibitor 14

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8se5

タイトル

NKG2D complexed with inhibitor 14

要素

NKG2-D type II integral membrane protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / NKG2D / Immune System / IMMUNOSUPPRESSANT-INHIBITOR complex / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-ZW7 / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Development of small molecule inhibitors of natural killer group 2D receptor (NKG2D).
著者: Wang, J. / Nakafuku, K.M. / Ziff, J. / Gelin, C.F. / Gholami, H. / Thompson, A.A. / Karpowich, N.K. / Limon, L. / Coate, H.R. / Damm-Ganamet, K.L. / Shih, A.Y. / Grant, J.C. / Cote, M. / Mak, ...

履歴

登録	2023年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8se5.cif.gz	119.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8se5.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8se5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8se5_validation.pdf.gz	830.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8se5_full_validation.pdf.gz	831.9 KB	表示
XML形式データ	8se5_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	8se5_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/8se5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8se6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: NKG2-D type II integral membrane protein

A: NKG2-D type II integral membrane protein

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.210, 43.361, 64.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-448- HOH
2	1	B-462- HOH

#1: タンパク質	NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor 分子量: 14880.832 Da / 分子数: 2 / 変異: S117E,I173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZW7 / N-{(1S)-2-[(1R,5S,6S)-6-(hydroxymethyl)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-2-oxo-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}-4'-(trifluoromethyl)[1,1'-biphenyl]-2-carboxamide 分子量: 562.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₄F₆N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 - 0.22 M NaNO3 20- 31 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→43.57 Å / Num. obs: 41857 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 138684
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / % possible obs: 30.4 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.921 / Num. measured all: 2047 / Num. unique obs: 760 / CC_1/2: 0.492 / R_pim(I) all: 0.623 / R_rim(I) all: 1.118 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
DIALS		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.43→34.99 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2307	2059	4.93 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2075	41803	83.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1923	0	87	160	2170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.28	2798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.356	286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.237	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.46	0.4632	66	0.4305	996	X-RAY DIFFRACTION	32
1.46-1.5	0.3679	79	0.3841	1290	X-RAY DIFFRACTION	41
1.5-1.54	0.3511	83	0.3635	1621	X-RAY DIFFRACTION	51
1.54-1.59	0.3173	101	0.302	2060	X-RAY DIFFRACTION	66
1.59-1.64	0.2753	150	0.2767	2761	X-RAY DIFFRACTION	87
1.64-1.7	0.2969	143	0.2575	2988	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7-1.76	0.2928	152	0.246	3056	X-RAY DIFFRACTION	96
1.76-1.84	0.2668	166	0.2161	3037	X-RAY DIFFRACTION	96
1.84-1.94	0.25	143	0.2214	3089	X-RAY DIFFRACTION	97
1.94-2.06	0.2533	180	0.1926	3047	X-RAY DIFFRACTION	97
2.06-2.22	0.2276	154	0.1911	3114	X-RAY DIFFRACTION	97
2.22-2.44	0.2311	158	0.1935	3108	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.8	0.1891	142	0.1939	3168	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8-3.52	0.2419	163	0.1961	3148	X-RAY DIFFRACTION	98
3.53-34.99	0.1858	179	0.1829	3261	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.372	2.0067	-1.1016	4.3936	-2.0654	3.2757	0.0242	0.0734	0.2283	-0.0082	0.019	0.3268	-0.2349	-0.0981	-0.1249	0.1401	0.0181	-0.0014	0.1369	-0.0336	0.1203	-2.5716	-15.4885	13.9537
2	7.2771	0.3634	-3.089	2.9325	0.2863	4.2135	0.015	0.5166	-0.1883	-0.5	0.0994	-0.015	0.2408	-0.0051	-0.0122	0.2344	-0.0112	-0.0245	0.1694	-0.0382	0.1236	0.1541	-22.5185	7.7363
3	4.5776	1.6242	-0.842	4.0972	-0.9451	4.5925	-0.0413	0.0329	-0.6456	-0.2582	0.1006	-0.0765	0.3386	-0.0687	-0.0303	0.1553	0.0294	-0.0016	0.1073	-0.0302	0.1944	0.4706	-27.8089	14.5006
4	4.0532	-0.6569	-0.7101	2.3554	-0.8547	4.207	0.0313	0.0765	-0.4784	-0.1804	-0.0067	0.1744	0.3306	-0.0844	-0.0567	0.2721	-0.0112	-0.086	0.1702	-0.0476	0.3651	-0.6043	-35.2978	12.1928
5	2.4547	-0.2086	-0.2177	2.7435	0.256	1.7626	0.0429	-0.0596	-0.2912	-0.0425	-0.0212	0.0922	0.094	-0.1057	-0.0635	0.1558	-0.0134	-0.0147	0.1675	-0.0021	0.2107	-1.3683	-27.4144	17.8839
6	6.0472	0.2192	3.1456	1.6005	0.0914	3.0018	0.0434	0.6525	-0.2134	-0.2688	0.0784	-0.0439	-0.0471	0.3648	-0.1321	0.1779	-0.0212	0.0344	0.1672	-0.0144	0.1029	16.0198	-8.9291	12.4906
7	5.8717	-0.7882	0.1722	3.8682	-0.746	2.7961	-0.1516	-0.1799	0.2524	0.2914	0.0796	-0.1702	-0.2415	-0.0258	0.0764	0.1597	-0.0064	0.0025	0.1086	-0.0112	0.0672	16.1281	-4.823	23.0035
8	2.9642	0.2825	0.9442	1.352	0.7127	2.5229	-0.1136	0.0221	0.1187	-0.0051	0.0399	-0.1415	-0.2469	0.0835	0.0665	0.1345	-0.0197	0.0111	0.1184	0.0091	0.1351	20.1691	-5.9472	26.0881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 91 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 131 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 144 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 170 through 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 189 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 130 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 131 through 168 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 169 through 215 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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