PDB-8q37: Crystal structure of YTHDC1 in complex with Compound 18 (ZA_312)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q37

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 in complex with Compound 18 (ZA_312)

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Zalesak, F. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design of a Potent and Selective YTHDC1 Ligand.
著者: Zalesak, F. / Nai, F. / Herok, M. / Bochenkova, E. / Bedi, R.K. / Li, Y. / Errani, F. / Caflisch, A.

履歴

登録	2023年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q37.cif.gz	105.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q37.ent.gz	64.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q37_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q37_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8q37_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	8q37_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q2qC 8q2rC 8q2sC 8q2tC 8q2uC 8q2vC 8q2wC 8q2xC 8q2yC 8q31C 8q32C 8q33C 8q35C 8q38C 8q39C 8q3aC 8q3gC 8q4mC 8q4nC 8q4pC 8q4qC 8q4rC 8q4tC 8q4uC 8q4vC 8q4wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein 1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.950, 103.550, 42.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-IWF / 2-chloranyl-9-[(2-methoxyphenyl)methyl]-~{N}-methyl-purin-6-amine 分子量: 303.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄ClN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→38.64 Å / Num. obs: 83615 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.41 % / B_iso Wilson estimate: 20.57 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.85
反射シェル	解像度: 1.28→1.36 Å / Num. unique obs: 13331 / CC_1/2: 0.426

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→38.64 Å / SU ML: 0.1971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.9013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2334	4174	5 %
R_work	0.2107	79283	-
obs	0.2118	83457	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→38.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2555	0	80	303	2938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	2705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9797	3670
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0873	392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5674	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.29	0.5072	127	0.5011	2399	X-RAY DIFFRACTION	89.35
1.29-1.31	0.4348	140	0.4633	2661	X-RAY DIFFRACTION	98.59
1.31-1.32	0.4263	141	0.4126	2687	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.32-1.34	0.3822	139	0.3841	2634	X-RAY DIFFRACTION	98.58
1.34-1.36	0.4148	141	0.3652	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.36-1.38	0.3648	138	0.3535	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.64
1.38-1.4	0.3963	139	0.3294	2642	X-RAY DIFFRACTION	97.89
1.4-1.42	0.3309	139	0.321	2637	X-RAY DIFFRACTION	97.03
1.42-1.44	0.3398	137	0.3241	2589	X-RAY DIFFRACTION	96.29
1.44-1.46	0.3333	132	0.3132	2522	X-RAY DIFFRACTION	93.68
1.46-1.49	0.3211	142	0.2855	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.16
1.49-1.52	0.2506	142	0.2533	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.52-1.54	0.261	140	0.2367	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.54-1.58	0.2587	143	0.2299	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.58-1.61	0.2497	142	0.2254	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.61-1.65	0.2484	140	0.2224	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.65-1.69	0.242	140	0.2187	2660	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.69-1.73	0.241	142	0.2155	2696	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.73-1.79	0.2188	138	0.2216	2618	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.79-1.84	0.2563	140	0.2265	2656	X-RAY DIFFRACTION	97.49
1.84-1.91	0.2497	138	0.2139	2619	X-RAY DIFFRACTION	96.33
1.91-1.99	0.2227	132	0.2114	2503	X-RAY DIFFRACTION	92.95
1.99-2.08	0.2359	141	0.2072	2674	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.08-2.19	0.2235	140	0.2026	2678	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.19-2.32	0.2422	141	0.205	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.32-2.5	0.2234	141	0.2026	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.5-2.75	0.236	138	0.2098	2635	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.75-3.15	0.2266	141	0.2075	2672	X-RAY DIFFRACTION	97.64
3.15-3.97	0.2134	137	0.1779	2592	X-RAY DIFFRACTION	94.49
3.97-38.64	0.1928	143	0.1846	2696	X-RAY DIFFRACTION	97.86

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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