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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q18 | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Human Carbonic Anhydrase IX in Complex with Sulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 9 | ||||||
キーワード | LYASE / CA IX / CA 9 / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase 9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å | ||||||
データ登録者 | Leitans, J. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023 タイトル: Structural Basis of Saccharin Derivative Inhibition of Carbonic Anhydrase IX. 著者: Leitans, J. / Kazaks, A. / Bogans, J. / Supuran, C.T. / Akopjana, I. / Ivanova, J. / Zalubovskis, R. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q18.cif.gz | 223.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q18.ent.gz | 177 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q18 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8q19C 8q1aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28186.711 Da / 分子数: 4 / 変異: C41S, N213Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: two dimers / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / 細胞株 (発現宿主): Pichia pastoris / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-IQE / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 9 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 9 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97898 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97898 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→61.49 Å / Num. obs: 81224 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 59.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.25 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12025 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→61.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.182 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.732 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.13→61.01 Å
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拘束条件 |
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