PDB-8pxn: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH (1R,1'R)-7,7'-(ethane-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pxn

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH (1R,1'R)-7,7'-(ethane-1,2-diylbis(oxy))bis(1,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one)

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

Amanitin/phalloidin toxin / toxin activity / Chem-ZTT / Alpha-amanitin proprotein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Chung, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Design and Characterization of 1,3-Dihydro-2 H -benzo[ d ]azepin-2-ones as Rule-of-5 Compliant Bivalent BET Inhibitors.
著者: Bamborough, P. / Chung, C.W. / Goodwin, N.C. / Mitchell, D.J. / Neipp, C.E. / Phillipou, A. / Preston, A. / Prinjha, R.K. / Soden, P.E. / Watson, R.J. / Demont, E.H.

履歴

登録	2023年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pxn.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pxn.ent.gz	105.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

B: Bromodomain-containing protein 4

C: Bromodomain-containing protein 4

D: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

61.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 4

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Bromodomain-containing protein 4

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.265, 41.879, 105.383
Angle α, β, γ (deg.)	89.973, 89.948, 89.882
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZTT / (1R)-7-[2-[[(1R)-1,3-dimethyl-2-oxidanylidene-1H-3-benzazepin-7-yl]oxy]ethoxy]-1,3-dimethyl-1H-3-benzazepin-2-one / (1R,1'R)-7,7'-(ethane-1,2-diylbis(oxy))bis(1,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-benzo[d]azepin-2-one) 分子量: 432.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₈N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Tris pH8.5, 12% w/v 4K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.3049
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.2772
pseudo-merohedral	3	3	-H, K, -L	3	0.2154
pseudo-merohedral	4	4	h,-k,-l	4	0.2025

反射

解像度: 1.95→52.69 Å / Num. obs: 35040 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.975 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.3

反射シェル

解像度: 1.95→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 9779 / CC_1/2: 0.878 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.952→35.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.899 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.826 / SU B: 5.719 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2701	1609	4.728 %
R_work	0.192	32422	-
all	0.196	-	-
obs	-	34031	90.388 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.077 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.145 Å²	-2.068 Å²	8.773 Å²
2-	-	4.455 Å²	-3.615 Å²
3-	-	-	-4.601 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→35.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4226	0	72	770	5068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.672	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.454	1.575	9454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.087	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.068	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.625	10	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.435	10	215
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	4387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.952-2.003	0.34	101	0.23	2057	X-RAY DIFFRACTION	75.7991
2.003-2.058	0.305	94	0.125	2368	X-RAY DIFFRACTION	90.648
2.058-2.117	0.238	112	0.121	2201	X-RAY DIFFRACTION	90.281
2.117-2.182	0.206	137	0.197	2237	X-RAY DIFFRACTION	90.3349
2.182-2.254	0.442	116	0.442	2034	X-RAY DIFFRACTION	87.4339
2.254-2.333	0.413	95	0.386	1931	X-RAY DIFFRACTION	81.9911
2.333-2.421	0.207	101	0.152	1983	X-RAY DIFFRACTION	93.411
2.421-2.52	0.276	50	0.131	2020	X-RAY DIFFRACTION	91.4311
2.52-2.632	0.293	90	0.128	1897	X-RAY DIFFRACTION	92.7638
2.632-2.76	0.297	101	0.137	1808	X-RAY DIFFRACTION	93.3496
2.76-2.91	0.239	85	0.137	1682	X-RAY DIFFRACTION	92.6586
2.91-3.086	0.179	68	0.132	1691	X-RAY DIFFRACTION	94.4683
3.086-3.299	0.197	79	0.126	1540	X-RAY DIFFRACTION	93.9095
3.299-3.563	0.192	59	0.161	1459	X-RAY DIFFRACTION	93.8195
3.563-3.902	0.366	60	0.239	1305	X-RAY DIFFRACTION	92.4171
3.902-4.362	0.193	91	0.155	1199	X-RAY DIFFRACTION	95.5556
4.362-5.036	0.183	45	0.162	1048	X-RAY DIFFRACTION	94.4685
5.036-6.164	0.231	61	0.175	898	X-RAY DIFFRACTION	95.6132
6.164-8.702	0.319	47	0.189	678	X-RAY DIFFRACTION	94.8953
8.702-35.128	0.301	17	0.167	386	X-RAY DIFFRACTION	95.2719

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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