PDB-8pte: Polyoxidovanadate interaction with proteins: crystal structure of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pte

タイトル

Polyoxidovanadate interaction with proteins: crystal structure of lysozyme bound to octadecavanadate ion (structure B)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / protein interaction / vanadium / vanadium acetylacetonate / POV / polyoxo

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.797 Å

データ登録者

Tito, G. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Stabilization and Binding of [V 4 O 12 ] 4- and Unprecedented [V 20 O 54 (NO 3 )] n- to Lysozyme upon Loss of Ligands and Oxidation of the Potential Drug V IV O(acetylacetonato) 2.
著者: Ferraro, G. / Tito, G. / Sciortino, G. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pte.cif.gz	49.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pte.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pte_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pte_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8pte_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	8pte_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/8pte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/8pte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zu6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.390, 80.390, 36.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-206- NO3
2	1	AAA-352- HOH
3	1	AAA-453- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-JQJ / Polyoxidovanadate complex 分子量: 1882.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₅₄V₂₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-H1W / pentakis(oxidanyl)vanadium 分子量: 135.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₅V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.0, 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→40.19 Å / Num. obs: 11611 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 33.6
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 576 / CC_1/2: 0.912 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.797→40.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 3.769 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	580	5.089 %
R_work	0.1805	10818	-
all	0.183	-	-
obs	-	11398	97.938 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.219 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.219 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.438 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.797→40.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	56	155	1212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.014	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.071	1.711	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.415	1.597	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.864	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.79	20.143	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.367	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.157	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.232	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.251	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.29	2.438	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.253	2.426	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.23	3.631	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.243	3.644	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.974	2.873	602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.995	2.88	545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.651	4.138	880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.817	4.161	794
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.157	29.911	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.786	29.037	1304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.797-1.844	0.434	40	0.353	641	X-RAY DIFFRACTION	81.2649
1.844-1.894	0.314	32	0.286	715	X-RAY DIFFRACTION	91.9951
1.894-1.949	0.308	34	0.238	754	X-RAY DIFFRACTION	99.4949
1.949-2.009	0.263	44	0.212	738	X-RAY DIFFRACTION	99.7449
2.009-2.074	0.241	38	0.2	690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.147	0.227	40	0.189	714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.228	0.199	46	0.178	649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.228-2.318	0.232	26	0.18	656	X-RAY DIFFRACTION	99.4169
2.318-2.421	0.228	41	0.178	616	X-RAY DIFFRACTION	99.848
2.421-2.539	0.271	34	0.174	585	X-RAY DIFFRACTION	99.8387
2.539-2.676	0.227	25	0.179	574	X-RAY DIFFRACTION	99.8333
2.676-2.837	0.311	26	0.178	539	X-RAY DIFFRACTION	99.8233
2.837-3.032	0.306	31	0.185	512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.273	0.269	20	0.146	481	X-RAY DIFFRACTION	99.8008
3.273-3.583	0.226	21	0.159	444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.583-4.002	0.185	22	0.148	413	X-RAY DIFFRACTION	99.7706
4.002-4.614	0.14	23	0.134	359	X-RAY DIFFRACTION	100
4.614-5.632	0.199	16	0.171	312	X-RAY DIFFRACTION	100
5.632-7.888	0.167	12	0.179	259	X-RAY DIFFRACTION	100
7.888-10	0.262	9	0.239	164	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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