PDB-8pqa: c-KIT kinase domain in complex with avapritinib derivative 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pqa

タイトル

c-KIT kinase domain in complex with avapritinib derivative 4

要素

Mast/stem cell growth factor receptor Kit

キーワード

TRANSFERASE / c-KIT protein kinase / avapritinib / inhibitor / tyrosine kinase / transmembrane receptor / stem cell factor / SCF / stem cell factor receptor / GIST / gastrointestinal stromal tumors / P10721

機能・相同性

Chem-98A / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Teuber, A. / Mueller, M.P. / Rauh, D.

資金援助

European Union,

ドイツ, 4件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Avapritinib-based SAR studies unveil a binding pocket in KIT and PDGFRA.
著者: Teuber, A. / Schulz, T. / Fletcher, B.S. / Gontla, R. / Muhlenberg, T. / Zischinsky, M.L. / Niggenaber, J. / Weisner, J. / Kleinbolting, S.B. / Lategahn, J. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Bauer, S. / Rauh, D.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pqa.cif.gz	311.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pqa.ent.gz	208.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pqa_validation.pdf.gz	923.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pqa_full_validation.pdf.gz	933.3 KB	表示
XML形式データ	8pqa_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	8pqa_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pq9C 8pqbC 8pqcC 8pqdC 8pqeC 8pqfC 8pqgC 8pqhC 8pqiC 8pqjC 8pqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m38pqa / データの種類: diffraction image data / 詳細: https://www.proteindiffraction.org/project/8PQA/

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.6 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Mast/stem cell growth factor receptor Kit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.760, 58.880, 193.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog 分子量: 37194.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-98A / 6-(1-methylpyrazol-4-yl)-4-(4-pyrimidin-2-ylpiperazin-1-yl)pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazine 分子量: 361.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3 mg/mL, 23% PEG3350, 150 mM Na2-tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→43.48 Å / Num. obs: 81727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.38 % / B_iso Wilson estimate: 34.51 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 19.49
反射シェル	解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 13.68 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 6926 / CC_1/2: 0.779 / R_rim(I) all: 2.606 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→38.21 Å / SU ML: 0.2799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6164
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	4079	5 %
R_work	0.1877	77451	-
obs	0.189	81530	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4636	0	54	475	5165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0098	4890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9857	6655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0645	719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0091	846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5265	1790

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.56	140	0.5886	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.67-1.69	0.5752	138	0.534	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.69-1.71	0.4791	138	0.4508	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.71-1.73	0.4157	141	0.397	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.73-1.76	0.3718	135	0.339	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.76-1.78	0.3486	141	0.2992	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.78-1.81	0.2844	136	0.2689	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.81-1.84	0.2848	141	0.2453	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.84-1.87	0.2893	137	0.241	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.87-1.9	0.2949	141	0.2472	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.9-1.93	0.2701	138	0.262	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.93-1.97	0.2911	138	0.2578	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.97-2.01	0.253	138	0.2081	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.01-2.06	0.2277	141	0.196	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.1	0.2633	141	0.1903	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.1-2.16	0.2209	138	0.1882	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.16-2.21	0.2218	139	0.1865	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.21-2.28	0.2628	142	0.1901	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.28-2.35	0.236	142	0.1878	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.35-2.44	0.2262	141	0.1887	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.53	0.2309	139	0.1917	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.65	0.2582	141	0.1986	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.65-2.79	0.2202	143	0.1955	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.79-2.96	0.233	142	0.1949	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2434	142	0.1934	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.1901	142	0.1786	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.51-4.02	0.1756	144	0.15	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.06	0.1441	147	0.1407	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.07-38.21	0.1823	153	0.1766	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.96689094577	1.79262191851	-0.827176270271	1.63487868377	-0.152947254069	2.82023889331	0.160221596077	-0.364461260576	-0.08035421622	0.153180608726	-0.121532595135	-0.0307012398496	-0.148557504105	-0.0614876768637	-0.0457183924834	0.264876429031	0.018472807826	-0.00313990812782	0.229089311757	-0.0133830321116	0.191709197144	-13.7856151455	-3.32446491443	61.1161927868
2	2.13206768181	-0.615399908192	0.303998943772	1.58820901421	0.4312494027	3.11221266297	0.0139851614342	0.000970431132465	0.0517297092072	-0.0439115296887	0.0320033227057	0.0212852107353	-0.258504771657	-0.017036322957	-0.0480967786063	0.243029925398	-0.0100942099509	-0.00933812280648	0.24084370409	0.0183263955667	0.220079666563	-15.1212397512	-9.47769457211	36.8110373488
3	2.06300099224	2.61219700479	-1.92776581264	6.91048239148	-3.72409215149	3.12260641059	-0.0381810732179	-0.0481296037085	-0.130935320257	-0.193169226574	-0.232947736604	-0.573373866442	0.104486953702	0.05685968121	0.226358284047	0.254271924488	0.0148225765473	-0.0288635556083	0.315151340711	-0.0137238796965	0.278203449807	4.69465599482	-7.035774211	-14.641685302
4	2.31976243605	0.0839925847284	1.69064336261	0.997629939643	-0.923050791477	5.28911814213	-0.248787038295	-0.157648566359	0.21118507576	0.0192331454563	-0.00712968415916	-0.15368215979	-0.395092055783	-0.352103865265	0.212889411802	0.274088853425	0.070500682744	-0.042901545429	0.265679137417	-0.0130118905439	0.305260486281	7.49625208493	1.71711320214	-4.65134055521
5	3.28586821348	-0.277210667024	0.871324458294	1.84279254685	-0.148390704767	2.82126694814	-0.226701964956	-0.421587344245	0.282194149561	0.122124249906	0.0720391642862	0.0295640870956	-0.306732745829	-0.482051971339	0.126509863851	0.333579789854	0.0852212645269	-0.0547483363711	0.318360201571	-0.0373892871804	0.227455125076	14.512712558	-1.14495069078	14.6562161755

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 566 through 677 )	C	C	566 - 677	1 - 112
2	2	chain 'C' and (resid 678 through 932 )	C	C	678 - 932	113 - 299
3	3	chain 'A' and (resid 566 through 600 )	A	A	566 - 600	1 - 35
4	4	chain 'A' and (resid 601 through 828 )	A	A	601 - 828	36 - 191
5	5	chain 'A' and (resid 829 through 930 )	A	A	829 - 930	192 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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