PDB-8pku: Kelch domain of KEAP1 in complex with ortho-dimethylbenzene linke...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pku

タイトル

Kelch domain of KEAP1 in complex with ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 3 (ortho-WRCDEETGEC).

要素

CP3
Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Peptide inhibitor / Inhibitor complex / cyclic peptide / Ubiquitin ligase / NRF2

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Braun, M.B. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023
タイトル: Computational Prediction of Cyclic Peptide Structural Ensembles and Application to the Design of Keap1 Binders.
著者: Fonseca Lopez, F. / Miao, J. / Damjanovic, J. / Bischof, L. / Braun, M.B. / Ling, Y. / Hartmann, M.D. / Lin, Y.S. / Kritzer, J.A.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2023年12月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct / struct_conn / struct_ref_seq Item: _atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula ..._atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct.title / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pku.cif.gz	300.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pku.ent.gz	202.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pku_validation.pdf.gz	727.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pku_full_validation.pdf.gz	738.8 KB	表示
XML形式データ	8pku_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	8pku_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pku	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8pkvC 8pkwC 8pkxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

P: CP3

ヘテロ分子

72.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

P: CP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.960, 68.583, 77.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.450, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABP

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 34624.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド	CP3 分子量: 1252.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 279分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-ZK2 / (2-methylphenyl)methanol / 2-メチルベンジルアルコ-ル分子量: 122.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→42.1 Å / Num. obs: 78891 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.72 % / B_iso Wilson estimate: 36.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.08
反射シェル	解像度: 1.73→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 12656 / CC_1/2: 0.592 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→42.1 Å / SU ML: 0.2109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	2129	2.7 %
R_work	0.181	76713	-
obs	0.1817	78842	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→42.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4390	0	96	259	4745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	4789
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8278	6550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0603	697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	870
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2205	3619

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.77	0.3696	142	0.3732	5077	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.77-1.81	0.2934	140	0.3175	5069	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.81-1.86	0.3163	141	0.2725	5074	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.86-1.92	0.3002	142	0.2643	5099	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.92-1.98	0.2517	142	0.223	5100	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.98-2.05	0.2265	140	0.2022	5070	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.05-2.13	0.2066	142	0.1884	5116	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.13-2.23	0.1957	142	0.1887	5116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.35	0.2079	141	0.1856	5113	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.35-2.49	0.1885	141	0.1954	5091	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.49-2.69	0.2201	142	0.199	5108	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.96	0.2098	142	0.1844	5126	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.96-3.39	0.2366	143	0.1824	5155	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.39-4.27	0.1884	143	0.1514	5141	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.27-42.1	0.1749	146	0.1635	5258	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.32008903257	5.05660502872	-3.8891993564	6.6517674388	-5.22222627841	5.88668519053	0.0198891739978	0.346118536456	-0.210667062591	-0.294775886853	0.027693935187	0.162238481437	0.136904086787	-0.0367658712858	0.189602715762	0.348449345741	0.0129125932804	-0.0216223870898	0.291015731419	-0.0475034150873	0.366437215613	-37.049	15.322	-3.435
2	2.79678184395	2.41030582943	0.089899002752	5.8917732733	0.0749160683703	0.865205598564	-0.104869432547	0.206543588984	0.0121807150828	-0.385777258298	0.0335691854454	0.11038893839	0.0125852286905	-0.043937320122	0.0864035504271	0.283140974568	0.0270041007991	-0.0214074969221	0.264021800201	0.0062544570397	0.305292604055	-39.522	20.087	-0.41
3	5.06059508994	0.643750460009	0.537402689591	2.36972671232	-0.127589901579	2.54851733826	-0.0978725464909	-0.1615534633	0.251869293938	0.125199269175	-0.0183946086141	0.0415950154082	-0.195066706253	0.04487987339	0.134976143532	0.31105101181	0.0250357268115	-0.00825854586056	0.201542184297	0.0022970441394	0.297045287268	-35.126	27.646	7.294
4	3.44194321147	-1.36228242551	0.71538646443	2.29024812918	-0.524285932848	1.42228279421	-0.164179973073	-0.50566991679	0.091723879607	0.525457739852	0.0832488328227	-0.0310810375325	-0.129233242341	0.00872544766796	0.0778793543175	0.384536266862	-0.00907627228044	-0.0218485633678	0.354745949957	0.00884977037006	0.285693620967	-27.123	23.601	17.06
5	2.1037010351	0.211694392629	0.077325449121	1.97959389149	-0.175623239565	2.37267943534	0.0396456336714	-0.16450245738	-0.307540993955	0.14703835158	-0.0612362608492	0.0266490388754	0.219915622893	0.0537146609851	0.0255990212339	0.302188547082	-0.0076346988637	0.01202901383	0.253381135593	0.0230207639103	0.328118012274	-29.637	7.099	8.096
6	1.85449189163	0.721001189185	0.797835482468	1.51345511115	-1.53355914492	3.12025326279	0.419854790921	2.3377867181	2.2393566357	0.118837592635	0.285623460777	1.1352696673	-0.978100354348	-2.07187561843	-0.17388624818	0.411229041353	0.388587397859	-0.0710176201369	1.78380184897	0.911120333976	0.916954602617	-53.864	26.035	45.952
7	1.3596058119	1.18431659645	-0.0457618836616	1.37287442213	-0.832579068789	2.20641098311	-0.568685029841	2.2366857959	-0.0386186626717	-0.44317726586	0.395713950019	0.294319296825	0.529262829277	-1.89254558586	0.00168092600832	0.426768969916	-0.240723171362	-0.0295674823934	1.4668618261	-0.0419093307126	0.423925835235	-52.124	13.191	49.758
8	3.21927292388	-0.479317102231	-0.831248458683	1.67541544885	-0.806961925292	0.653106864982	-1.51695403369	1.68875256917	-2.1986486796	-0.407367310737	0.433242741589	0.187476843482	1.86010416807	-1.05814762255	0.105829305089	0.737736377009	-0.488736212118	0.286803760241	0.976242505109	-0.403342347822	0.821074555047	-41.058	5.93	47.844
9	6.70619460778	1.68037837787	-3.92556417915	2.69777238586	-0.616933891307	6.03462476949	-0.827116266261	0.756641326373	-1.05257186539	-0.376607901699	0.129924657065	-0.395855841996	0.685123987893	-0.232863050292	0.522179808686	0.35156995894	-0.0701580472799	0.112905603344	0.475546108259	-0.0367029472859	0.404764674511	-29.529	13.131	47.108
10	3.90118427622	1.27474130873	-1.23595824912	2.03847417608	-1.61901610993	2.82410959855	0.515759517667	1.48795859316	1.70500238479	-0.0772380204294	0.578801632558	0.522635381982	-0.953770240107	-1.03921260909	-0.335235046824	0.613082916039	0.128475324233	0.0993215473466	0.900697329216	0.530292032108	0.788720912813	-37.289	29.611	45.004
11	0.747525868041	-0.676600083498	-0.10810078851	2.69177047923	0.194105352007	0.975495256272	-0.30731562578	2.12929259801	-0.158544001876	-0.327189297299	0.54696137279	0.864212230286	0.0519127185233	-0.956121556679	0.0897193886948	0.0585678842518	-0.00483286935877	-0.384628196596	2.44447810402	0.507677917848	0.592700334264	-52.398	21.079	39.855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 325:341 )	A	325 - 341
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 342:395 )	A	342 - 395
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 396:442 )	A	396 - 442
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 443:517 )	A	443 - 517
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 518:613 )	A	518 - 613
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 326:353 )	B	326 - 353
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 354:416 )	B	354 - 416
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 417:451 )	B	417 - 451
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 452:506 )	B	452 - 506
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 507:602 )	B	507 - 602
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 603:613 )	B	603 - 613

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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