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万見
- PDB-8pif: Fragment 12 in complex with KLHDC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pif
タイトルFragment 12 in complex with KLHDC2
要素Kelch domain-containing protein 2
キーワードLIGASE / Cul2-RING ubiquitin ligase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Galactose oxidase, central domain / Kelch-type beta propeller
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(furan-3-yl)ethanoic acid / Kelch domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å
データ登録者Boettcher, J. / Mayer, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: KLHDC2 - The Next Level
著者: Boettcher, J.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch domain-containing protein 2
B: Kelch domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0175
ポリマ－82,7022
非ポリマー3143
水9,548530
1
A: Kelch domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5393
ポリマ－41,3511
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kelch domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4772
ポリマ－41,3511
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.261, 88.308, 88.922
Angle α, β, γ (deg.)90, 104.51, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kelch domain-containing protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor- ...Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor-like protein 1 / HCLP-1


分子量: 41351.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHDC2, HCA33
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2U9
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-YW6 / 2-(furan-3-yl)ethanoic acid / フラン-3-酢酸


分子量: 126.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 23%PEG3350 100mM HEPES pH 7.0 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.000018 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000018 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.782→61.6419 Å / Num. obs: 43588 / % possible obs: 69 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.782→1.958 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.262 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2179 / Rsym value: 1.262 / % possible all: 14.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
XDSFeb 5, 2021データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.782→35.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.688 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.199 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 2155 -RANDOM
Rwork0.1817 ---
obs0.1833 43579 69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4428 Å20 Å2-0.5369 Å2
2--1.4934 Å20 Å2
3---0.9493 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.782→35.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5110 0 22 530 5662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910136HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9818150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2845SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1659HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5303HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion638SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8579SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.27
LS精密化 シェル解像度: 1.782→1.89 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 39 -
Rwork0.255 --
obs--8.55 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31250.0471-0.13440.75-0.01241.5273-0.0577-0.0157-0.0638-0.01570.06630.0339-0.06380.0339-0.0085-0.0639-0.0542-0.0132-0.0242-0.0023-0.02669.1483-0.030621.804
21.76840.10990.12920.7237-0.19241.3213-0.0491-0.01920.0621-0.01920.0413-0.01940.0621-0.01940.0078-0.0681-0.05220.0007-0.03840.019-0.0229-9.248942.837622.9353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A28 - 359
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B27 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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