PDB-8ph7: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ph7

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with [Ru2Cl(DPhF)(O2CCH3)3] in condition A

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.406 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Steric hindrance and charge influence on the cytotoxic activity and protein binding properties of diruthenium complexes.
著者: Teran, A. / Ferraro, G. / Imbimbo, P. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Monti, D.M. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ph7.cif.gz	50.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ph7.ent.gz	31.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ph7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ph7_validation.pdf.gz	961.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ph7_full_validation.pdf.gz	962.4 KB	表示
XML形式データ	8ph7_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	8ph7_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8ph7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8ph7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ph5C 8ph6C 8ph8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.670, 77.670, 38.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-307- HOH
2	1	A-344- HOH
3	1	A-366- HOH
4	1	A-406- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物	ChemComp-ZQ2 / [Ru2(N,N'-bis(4-fluorophenyl)formamidinate)(1,1-ethanediol) / 3-methyl-6,8-diphenyl-2,4-dioxa-6,8-diaza-1$l^{3},5$l^{3}-diruthenabicyclo[3.3.0]octane 分子量: 458.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆N₂O₂Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZWH / [Ru2Cl(N,N'-bis(4-fluorophenyl)formamidinate)(1,1-ethanediol)(succinic acid)2] 分子量: 694.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₈N₂O₁₀Ru₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid at pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.406→54.921 Å / Num. obs: 14799 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.406→1.53 Å / R_merge(I) obs: 2.764 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 742 / CC_1/2: 0.867

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.406→54.921 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 2.317 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	742	5.017 %
R_work	0.2264	14047	-
all	0.229	-	-
obs	-	14799	63.385 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.732 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.295 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.295 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.589 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.406→54.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	67	106	1173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.7	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.569	1.597	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.113	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.498	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.923	10	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.551	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.103	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.25	2.422	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.247	2.421	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.464	4.376	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.467	4.379	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.067	2.852	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.067	2.851	606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.998	5.11	876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.995	5.11	877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.612	32.479	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.585	30.765	1240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.443	0.357	7	0.523	104	X-RAY DIFFRACTION	6.541
1.443-1.482	0.721	9	0.46	209	X-RAY DIFFRACTION	13.3824
1.482-1.525	0.555	15	0.408	347	X-RAY DIFFRACTION	22.3871
1.525-1.572	0.484	38	0.38	579	X-RAY DIFFRACTION	39.6275
1.572-1.624	0.462	21	0.385	688	X-RAY DIFFRACTION	47.2037
1.624-1.681	0.367	44	0.304	753	X-RAY DIFFRACTION	53.7424
1.681-1.744	0.316	32	0.286	817	X-RAY DIFFRACTION	59.9153
1.744-1.815	0.266	48	0.265	868	X-RAY DIFFRACTION	67.2047
1.815-1.896	0.312	42	0.248	927	X-RAY DIFFRACTION	73.0769
1.896-1.988	0.298	53	0.231	949	X-RAY DIFFRACTION	80.16
1.988-2.096	0.238	59	0.229	1018	X-RAY DIFFRACTION	89.5262
2.096-2.223	0.275	63	0.24	1020	X-RAY DIFFRACTION	94.2559
2.223-2.376	0.292	56	0.236	993	X-RAY DIFFRACTION	97.8545
2.376-2.566	0.333	54	0.244	950	X-RAY DIFFRACTION	98.8189
2.566-2.81	0.328	50	0.224	866	X-RAY DIFFRACTION	99.5652
2.81-3.141	0.303	36	0.217	822	X-RAY DIFFRACTION	99.6516
3.141-3.624	0.224	41	0.188	713	X-RAY DIFFRACTION	98.9501
3.624-4.434	0.193	33	0.159	616	X-RAY DIFFRACTION	99.6928
4.434-6.251	0.237	25	0.198	498	X-RAY DIFFRACTION	99.4297
6.251-54.92	0.228	16	0.328	310	X-RAY DIFFRACTION	99.6942

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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