PDB-8ph6: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ph6

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with K2[Ru2(DPhF)(CO3)3] in condition B

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Steric hindrance and charge influence on the cytotoxic activity and protein binding properties of diruthenium complexes.
著者: Teran, A. / Ferraro, G. / Imbimbo, P. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Monti, D.M. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ph6.cif.gz	57 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ph6.ent.gz	36.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ph6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ph6_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ph6_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8ph6_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8ph6_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8ph6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8ph6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ph5C 8ph7C 8ph8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.880, 76.880, 38.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-349- HOH
2	1	A-358- HOH
3	1	A-361- HOH
4	1	A-496- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 201分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZWL / [Ru2(DPhF)(Formate)(CO3)] 分子量: 504.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄N₂O₅Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-YWV / [Ru2(DPhF)(Formate)] タイプ: D-beta-peptide, C-gamma linking / 分子量: 444.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄N₂O₂Ru₂
#5: 化合物	ChemComp-ZWO / Ru2(DPhF)(CO3)3 分子量: 578.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₂N₂O₉Ru₂
#6: 化合物	ChemComp-ZXE / Ru2(DPhF)(CO3)2(Formate) 分子量: 564.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₂O₈Ru₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M sodium formate and 0.1 M HEPES buffer at pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→54.36 Å / Num. obs: 51851 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 36.3
反射シェル	解像度: 1.07→1.08 Å / R_merge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2477 / CC_1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.07→54.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 0.51 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	2503	5.02 %
R_work	0.17	47360	-
all	0.171	-	-
obs	-	49863	96.786 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.596 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.009 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.009 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→54.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	116	196	1313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.011	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.165	1.784	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.737	1.585	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.84	5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.907	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.1	10	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.177	10	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.264	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.263	1.154	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.24	1.152	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.888	2.085	761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.906	2.088	762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.023	1.381	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.124	1.414	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.072	2.468	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.286	2.492	880
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.451	20.083	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.47	16.467	1461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.07-1.098	0.327	130	0.27	2848	X-RAY DIFFRACTION	79.4557
1.098-1.128	0.28	158	0.235	3038	X-RAY DIFFRACTION	87.754
1.128-1.161	0.225	154	0.221	3158	X-RAY DIFFRACTION	92.6952
1.161-1.196	0.223	170	0.219	3171	X-RAY DIFFRACTION	96.6445
1.196-1.235	0.229	184	0.206	3126	X-RAY DIFFRACTION	98.9537
1.235-1.279	0.233	174	0.201	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.9693
1.279-1.327	0.208	147	0.191	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.327-1.381	0.192	136	0.186	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.381-1.443	0.182	173	0.177	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
1.443-1.513	0.197	133	0.168	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.8209
1.513-1.595	0.186	140	0.164	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.8868
1.595-1.691	0.176	143	0.154	2374	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
1.691-1.808	0.185	122	0.157	2249	X-RAY DIFFRACTION	99.9578
1.808-1.953	0.179	121	0.157	2108	X-RAY DIFFRACTION	99.9104
1.953-2.139	0.161	119	0.152	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.139-2.391	0.167	85	0.139	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.76	0.187	69	0.148	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.378	0.153	59	0.153	1373	X-RAY DIFFRACTION	99.9302
3.378-4.768	0.159	52	0.138	1082	X-RAY DIFFRACTION	99.9119
4.768-54.36	0.353	33	0.282	646	X-RAY DIFFRACTION	99.4144

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関連情報:EMDBヘッダ

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