PDB-8ph5: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ph5

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with [Ru2Cl(DPhF)2(O2CCH3)2] in condition B

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Steric hindrance and charge influence on the cytotoxic activity and protein binding properties of diruthenium complexes.
著者: Teran, A. / Ferraro, G. / Imbimbo, P. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Monti, D.M. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ph5.cif.gz	49.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ph5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ph5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ph5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ph5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8ph5_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8ph5_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8ph5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8ph5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ph6C 8ph7C 8ph8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.000, 77.000, 39.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-324- HOH
2	1	AAA-410- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZJK / 1-oxidanyl-6,8,9,11-tetraphenyl-2,4-dioxa-6,8,9,11-tetraza-1$l^{5},5$l^{4}-diruthenatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecane 分子量: 657.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇N₄O₃Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M sodium formate and 0.1 M HEPES buffer at pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→39.2 Å / Num. obs: 29909 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 21.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.29→1.31 Å / R_merge(I) obs: 1.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1489 / CC_1/2: 0.865

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.29→38.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 1.76 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2804	1538	5.191 %
R_work	0.241	28089	-
all	0.243	-	-
obs	-	29627	97.931 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.473 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.527 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.527 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.054 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→38.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	87	110	1198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.006	1.793	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.547	1.598	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.93	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.011	20.152	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.384	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.236	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.721	1.87	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.721	1.87	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.356	2.816	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.355	2.819	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.252	2.001	641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.386	2.148	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.213	2.879	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.462	3.143	809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.689	22.309	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.627	22.543	1325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.323	0.383	99	0.417	1882	X-RAY DIFFRACTION	90.1274
1.323-1.36	0.397	122	0.387	1976	X-RAY DIFFRACTION	98.6366
1.36-1.399	0.38	113	0.378	1981	X-RAY DIFFRACTION	99.9523
1.399-1.442	0.423	77	0.337	1933	X-RAY DIFFRACTION	99.7519
1.442-1.489	0.386	99	0.32	1835	X-RAY DIFFRACTION	99.0779
1.489-1.541	0.358	104	0.305	1810	X-RAY DIFFRACTION	99.171
1.541-1.6	0.304	102	0.278	1705	X-RAY DIFFRACTION	98.8512
1.6-1.665	0.333	88	0.277	1653	X-RAY DIFFRACTION	98.0845
1.665-1.739	0.329	89	0.257	1570	X-RAY DIFFRACTION	97.8184
1.739-1.823	0.279	79	0.226	1498	X-RAY DIFFRACTION	96.7485
1.823-1.922	0.252	79	0.23	1441	X-RAY DIFFRACTION	96.6306
1.922-2.038	0.235	81	0.228	1365	X-RAY DIFFRACTION	97.1122
2.038-2.178	0.233	76	0.207	1299	X-RAY DIFFRACTION	98.7078
2.178-2.352	0.25	70	0.212	1207	X-RAY DIFFRACTION	98.0799
2.352-2.576	0.221	67	0.212	1117	X-RAY DIFFRACTION	98.0945
2.576-2.878	0.279	60	0.21	1036	X-RAY DIFFRACTION	99.0958
2.878-3.321	0.26	54	0.217	923	X-RAY DIFFRACTION	98.9868
3.321-4.06	0.279	36	0.196	803	X-RAY DIFFRACTION	99.5255
4.06-5.711	0.27	26	0.207	652	X-RAY DIFFRACTION	99.8527
5.711-38.53	0.307	17	0.335	398	X-RAY DIFFRACTION	99.2823

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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