PDB-8pej: CjGH35 with a Galactosidase Activity-Based Probe

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pej

タイトル

CjGH35 with a Galactosidase Activity-Based Probe

要素

Beta-galactosidase, putative, bgl35A

キーワード

HYDROLASE / Beta-galactosidase / Complex / Activity-based Probe

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Offen, W.A. / Davies, G.J.

資金援助

英国, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The development of a broad-spectrum retaining beta-exo-galactosidase activity-based probe.
著者: Kuo, C.L. / Su, Q. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Beenakker, T.J.M. / Offen, W.A. / Willems, L.I. / Boot, R.G. / Sarris, A.J. / Marques, A.R.A. / Codee, J.D.C. / van der Marel, G.A. / ...

履歴

登録	2023年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pej.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pej.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/8pej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/8pej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

B: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

C: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

D: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

E: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

F: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

G: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

H: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

ヘテロ分子

500 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

B: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

C: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

H: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
250 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

E: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

F: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

G: Beta-galactosidase, putative, bgl35A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
250 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.316, 116.212, 116.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.236, 89.889, 90.094
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Beta-galactosidase, putative, bgl35A 分子量: 62127.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: beta-galactosidase without signal peptide and with N-terminal hexahistidine tag 由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア) 遺伝子: bgl35A, CJA_2707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PBE0, beta-galactosidase
#2: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-YGX / (1~{S},2~{S},4~{S},5~{R})-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4,5-pentol 分子量: 194.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→99.32 Å / Num. obs: 802827 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.0467 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 37248 / CC_1/2: 0.719 / R_pim(I) all: 0.0467 / R_rim(I) all: 0.66 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→82.544 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.198 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions There was incomplete electron density for loop 434 - 445, which has been modelled at partial occupancy or left partially unmodelled for each chain.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	40267	5.016 %
R_work	0.1566	762488	-
all	0.158	-	-
obs	-	762488	96.256 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.647 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.202 Å²	-0.143 Å²	0.182 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0.126 Å²
3-	-	-	-0.771 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→82.544 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33749	0	187	4413	38349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	35542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	32682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.709	1.649	48565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.568	1.567	75109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.094	5	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.986	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.821	10	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.172	10	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	5223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	42424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	6755
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	28690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	17141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	18084
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.306	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.101	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.976	2.305	17620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.974	2.305	17607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.636	4.141	22116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.636	4.141	22117
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.861	2.475	17922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.861	2.475	17923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.093	4.449	26442
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.093	4.449	26443
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.095	24.715	41430
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.903	23.787	40048

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.253	2816	0.238	52858	0.239	61606	0.953	0.958	90.3711	0.239
1.539-1.581	0.234	2847	0.216	53760	0.217	60249	0.962	0.967	93.9551	0.215
1.581-1.627	0.223	2811	0.196	52912	0.197	58451	0.966	0.973	95.3328	0.192
1.627-1.677	0.215	2705	0.186	51539	0.188	56739	0.97	0.978	95.6027	0.181
1.677-1.732	0.2	2597	0.175	50200	0.177	55066	0.975	0.981	95.8795	0.169
1.732-1.793	0.206	2520	0.169	48627	0.171	53206	0.973	0.982	96.1301	0.163
1.793-1.86	0.202	2548	0.163	46892	0.165	51367	0.974	0.983	96.2486	0.158
1.86-1.936	0.191	2380	0.161	45428	0.163	49539	0.976	0.983	96.5058	0.158
1.936-2.022	0.193	2386	0.159	43294	0.161	47247	0.977	0.984	96.6834	0.158
2.022-2.121	0.185	2235	0.155	41821	0.157	45336	0.979	0.985	97.1766	0.157
2.121-2.236	0.171	2042	0.148	39874	0.149	43087	0.982	0.987	97.2822	0.152
2.236-2.371	0.178	1908	0.146	37669	0.148	40775	0.98	0.987	97.0619	0.153
2.371-2.535	0.173	1899	0.143	35569	0.145	38278	0.981	0.987	97.8839	0.154
2.535-2.737	0.185	1765	0.152	33243	0.154	35619	0.979	0.986	98.2846	0.167
2.737-2.998	0.185	1633	0.161	30737	0.162	32851	0.979	0.984	98.5358	0.18
2.998-3.352	0.18	1417	0.16	27632	0.161	29539	0.982	0.986	98.3412	0.18
3.352-3.869	0.16	1311	0.141	24603	0.142	26173	0.985	0.989	99.0104	0.166
3.869-4.736	0.137	1082	0.118	20796	0.119	22061	0.99	0.992	99.1705	0.146
4.736-6.687	0.169	897	0.156	16133	0.156	17119	0.987	0.99	99.4801	0.19
6.687-82.544	0.225	469	0.219	8901	0.219	9406	0.974	0.975	99.6173	0.309

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