PDB-8pc7: STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH3 FROM THE METAGENOME OF MARINE SE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pc7

タイトル

STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH3 FROM THE METAGENOME OF MARINE SEDIMENTS AT MILAZZO HARBOR (SICILY, ITALY) COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF BIPYRIDINE PHOSPHONATE

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / Ester Hydrolase / Complex

機能・相同性

: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZK8 / Esterase

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2023
タイトル: Transforming an esterase into an enantioselective catecholase through bioconjugation of a versatile metal-chelating inhibitor.
著者: Fernandez-Lopez, L. / Cea-Rama, I. / Alvarez-Malmagro, J. / Ressmann, A.K. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Coscolin, C. / Shahgaldian, P. / Plou, F.J. / Modregger, J. / Pita, M. / Sanz-Aparicio, J. / Ferrer, M.

履歴

登録	2023年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pc7.cif.gz	267.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pc7.ent.gz	216 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/8pc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/8pc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sxp 6sxy 6sya 6syl
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Esterase

B: Esterase

C: Esterase

D: Esterase

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Esterase

ヘテロ分子

B: Esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA software
81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Esterase

ヘテロ分子

D: Esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.755, 189.390, 75.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Esterase 分子量: 40217.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8JN75
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZK8 / hexyl-[2-(3-oxidanylpyridin-2-yl)pyridin-3-yl]oxy-phosphinic acid 分子量: 336.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁N₂O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.84 % / 解説: Plaque
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979181 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月2日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.35 Å / Num. obs: 57906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4513 / CC_1/2: 0.884 / R_pim(I) all: 0.231 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.6.04	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→47.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 9.65 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25293	2927	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24394	-	-	-
obs	0.24438	54940	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	25.04 Å²	0 Å²	-8.31 Å²
2-	-	-5.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-19.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10266	0	39	124	10429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	10508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	9892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.654	14218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.193	1.593	22823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.888	5	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.617	23.384	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.463	15	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.604	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.829	4.483	5365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.829	4.483	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.039	6.72	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.039	6.72	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.441	4.623	5143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.441	4.623	5144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.411	6.884	7525
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.449	53.848	11626
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.447	53.853	11625
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10597	0.08
1	2	B	10597	0.08
2	1	A	10565	0.09
2	2	C	10565	0.09
3	1	A	10619	0.08
3	2	D	10619	0.08
4	1	B	10624	0.07
4	2	C	10624	0.07
5	1	B	10651	0.06
5	2	D	10651	0.06
6	1	C	10608	0.07
6	2	D	10608	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	228	-
R_work	0.305	4030	-
obs	-	-	99.14 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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