PDB-8ou9: Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ou9

タイトル

Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11e

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / E3 / molecular glue

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-W1B / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Heim, C. / Bischof, L. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Leveraging Ligand Affinity and Properties: Discovery of Novel Benzamide-Type Cereblon Binders for the Design of PROTACs.
著者: Steinebach, C. / Bricelj, A. / Murgai, A. / Sosic, I. / Bischof, L. / Ng, Y.L.D. / Heim, C. / Maiwald, S. / Proj, M. / Voget, R. / Feller, F. / Kosmrlj, J. / Sapozhnikova, V. / Schmidt, A. / ...

履歴

登録	2023年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ou9.cif.gz	124.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ou9.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ou9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8ou9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ou3C 8ou4C 8ou5C 8ou6C 8ou7C 8ouaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

36.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.328, 59.739, 88.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	A
1	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	19 - 122	2 - 105
2	2	ALA	ALA	19 - 123	2 - 106
3	3	ALA	ALA	19 - 123	2 - 106

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 11805.455 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-W1B / 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-oxidanyl-benzamide 分子量: 263.249 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₃N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.28 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M (NH4)H2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→47.49 Å / Num. obs: 30740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.15 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.33
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 4878 / CC_1/2: 0.569

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→47.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.994 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	1538	5.003 %
R_work	0.181	-	-
obs	-	30740	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.324 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.734 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2301	0	60	89	2450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.011	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.896	1.629	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.689	1.563	4831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.944	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.14	8.158	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.598	10	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.113	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.908	3.462	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.909	3.462	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.182	6.168	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.181	6.17	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.771	3.782	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.769	3.784	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.769	6.754	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.767	6.755	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	112	-
R_work	0.357	2090	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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