PDB-8j4h: X-ray structure of a ferric ion-binding protein A (FbpA) from Vib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j4h

タイトル

X-ray structure of a ferric ion-binding protein A (FbpA) from Vibrio metschnikovii in complex with Danshensu (DSS)

要素

Ferric iron ABC transporter iron-binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferric Binding Protein / FbpA / Danshensu / Vibrio metschnikovii

機能・相同性

Ferric binding protein / iron ion transmembrane transport / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / metal ion binding / Chem-TO9 / Ferric iron ABC transporter iron-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio metschnikovii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Lu, P. / Jiang, J. / Nagata, K.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K22561	日本
The Japan Science Society	2023-4016	日本
Japan Science and Technology	JPMJSP2108	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H02151	日本

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of Fe 3+ binding inhibition to Vibrio metschnikovii ferric ion-binding protein, FbpA, by rosmarinic acid and its hydrolysate, danshensu.
著者: Lu, P. / Jiang, J. / Liu, C. / Okuda, S. / Itoh, H. / Okamoto, K. / Suzuki, M. / Nagata, K.

履歴

登録	2023年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j4h.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j4h.ent.gz	56.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j4h_validation.pdf.gz	784.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j4h_full_validation.pdf.gz	786.2 KB	表示
XML形式データ	8j4h_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	8j4h_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferric iron ABC transporter iron-binding protein

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.233, 90.233, 149.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-674- HOH
2	1	A-691- HOH
3	1	A-711- HOH
4	1	A-730- HOH

#1: タンパク質	Ferric iron ABC transporter iron-binding protein 分子量: 33500.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio metschnikovii (バクテリア) 遺伝子: VIB_000280 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9P1D3
#2: 化合物	ChemComp-TO9 / (2~{R})-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-oxidanyl-propanoic acid / Danshensu / ダンシェンス分子量: 198.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1 M (NH4)2HPO4, 0.1 M imidazole-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.008→49.825 Å / Num. obs: 45218 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.59 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.81
反射シェル	解像度: 2.008→2.018 Å / Num. unique obs: 7187 / CC_1/2: 0.713

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→45.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2089	1197	4.9 %	RANDOM
R_work	0.15896	-	-	-
obs	0.16142	23359	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.01→45.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2364	0	14	231	2609

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.06 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	78	-
R_work	0.21	1643	-
obs	-	-	96.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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