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万見
- PDB-8izd: Cryo-EM structure of the C26-CoA-bound Lac1-Lip1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8izd
タイトルCryo-EM structure of the C26-CoA-bound Lac1-Lip1 complex
要素
  • Ceramide synthase LAC1
  • Ceramide synthase subunit LIP1
キーワードTRANSFERASE / Substrate / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


very-long-chain ceramide synthase / acyl-CoA ceramide synthase complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine N-acyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / nuclear periphery / nuclear envelope / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
TRAM/LAG1/CLN8 homology domain / Sphingosine N-acyltransferase Lag1/Lac1-like / TLC domain / TLC domain profile. / TRAM, LAG1 and CLN8 homology domains.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PL / Hexacosanoyl-CoA / Ceramide synthase LAC1 / Ceramide synthase subunit LIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Xie, T. / Fang, Q. / Gong, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of a eukaryotic ceramide synthase complex.
著者: Tian Xie / Qi Fang / Zike Zhang / Yanfei Wang / Feitong Dong / Xin Gong /
要旨: Ceramide synthases (CerS) catalyze ceramide formation via N-acylation of a sphingoid base with a fatty acyl-CoA and are attractive drug targets for treating numerous metabolic diseases and cancers. ...Ceramide synthases (CerS) catalyze ceramide formation via N-acylation of a sphingoid base with a fatty acyl-CoA and are attractive drug targets for treating numerous metabolic diseases and cancers. Here, we present the cryo-EM structure of a yeast CerS complex, consisting of a catalytic Lac1 subunit and a regulatory Lip1 subunit, in complex with C26-CoA substrate. The CerS holoenzyme exists as a dimer of Lac1-Lip1 heterodimers. Lac1 contains a hydrophilic reaction chamber and a hydrophobic tunnel for binding the CoA moiety and C26-acyl chain of C26-CoA, respectively. Lip1 interacts with both the transmembrane region and the last luminal loop of Lac1 to maintain the proper acyl chain binding tunnel. A lateral opening on Lac1 serves as a potential entrance for the sphingoid base substrate. Our findings provide a template for understanding the working mechanism of eukaryotic ceramide synthases and may facilitate the development of therapeutic CerS modulators.
履歴
登録2023年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ceramide synthase LAC1
B: Ceramide synthase subunit LIP1
C: Ceramide synthase LAC1
D: Ceramide synthase subunit LIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,90712
ポリマ－135,0364
非ポリマー6,8718
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ceramide synthase LAC1 / Very-long-chain ceramide synthase LAC1


分子量: 50289.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: LAC1, DGT1, YKL008C, YKL156 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28496, very-long-chain ceramide synthase
#2: タンパク質 Ceramide synthase subunit LIP1 / LAG1/LAC1-interacting protein 1


分子量: 17228.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: LIP1, YMR298W / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03579
#3: 化合物
ChemComp-6PL / (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 763.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-9NY / Hexacosanoyl-CoA / C26:0 Coenzyme A


分子量: 1146.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H86N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lac1-Lip1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179070 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058030
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.14410874
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.5651296
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0811156
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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