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- PDB-8ivr: Methyl and Fluorine Effects in Novel Orally Bioavailable Keap1/Nr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ivr
タイトルMethyl and Fluorine Effects in Novel Orally Bioavailable Keap1/Nrf2 PPI Inhibitor for Treatment of Chronic Kidney Disease
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / chronic kidney disease (CKD) / Keap1 / Nrf2 / non-covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / transcription regulator inhibitor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / actin filament ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / transcription regulator inhibitor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / Potential therapeutics for SARS / in utero embryonic development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SIU / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nomura, A. / Yamaguchi, K. / Adachi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Methyl and Fluorine Effects in Novel Orally Bioavailable Keap1-Nrf2 PPI Inhibitor.
著者: Otake, K. / Ubukata, M. / Nagahashi, N. / Ogawa, N. / Hantani, Y. / Hantani, R. / Adachi, T. / Nomura, A. / Yamaguchi, K. / Maekawa, M. / Mamada, H. / Motomura, T. / Sato, M. / Harada, K.
履歴
登録2023年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5767
ポリマ－34,7301
非ポリマー8466
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.911, 103.911, 54.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 34730.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-SIU / (2R,3S)-2-methyl-3-(4-methylphenyl)-3-[2-(5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)ethanoylamino]propanoic acid


分子量: 365.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: hKEAP1 was concentrated to 6-10 mg/mL and crystallized with the solution with 0.1M Na acetate (pH5.0) and 1.5M di-ammonium sulfate or the solution with 0.1M Na acetate (pH5.0), 1.5M di- ...詳細: hKEAP1 was concentrated to 6-10 mg/mL and crystallized with the solution with 0.1M Na acetate (pH5.0) and 1.5M di-ammonium sulfate or the solution with 0.1M Na acetate (pH5.0), 1.5M di-ammonium, and 0.1-0.15M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→89.99 Å / Num. obs: 52857 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/av σ(I): 3.2 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3800

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→89.99 Å / SU ML: 0.1834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3417
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 2662 5.08 %
Rwork0.1816 49741 -
obs0.1824 52403 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→89.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 52 296 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55383255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.863850
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.40041380.36482467X-RAY DIFFRACTION92.64
1.53-1.560.32981380.31472516X-RAY DIFFRACTION94.65
1.56-1.590.3061470.28232506X-RAY DIFFRACTION94.55
1.59-1.620.24741400.25132553X-RAY DIFFRACTION95.6
1.62-1.660.23221220.21852566X-RAY DIFFRACTION96.52
1.66-1.70.21211220.2032597X-RAY DIFFRACTION95.67
1.7-1.750.2191380.20892600X-RAY DIFFRACTION97.23
1.75-1.80.24631480.20372583X-RAY DIFFRACTION97.57
1.8-1.860.21851440.2182628X-RAY DIFFRACTION97.81
1.86-1.920.21481480.20342605X-RAY DIFFRACTION98.22
1.92-20.20481340.17632654X-RAY DIFFRACTION98.34
2-2.090.1951490.16692627X-RAY DIFFRACTION98.4
2.09-2.20.20921580.16792618X-RAY DIFFRACTION99.18
2.2-2.340.19311320.17562671X-RAY DIFFRACTION99.29
2.34-2.520.20371340.18532679X-RAY DIFFRACTION99.08
2.52-2.780.19331400.17632680X-RAY DIFFRACTION99.47
2.78-3.180.19091470.17352701X-RAY DIFFRACTION99.68
3.18-40.1751360.15762722X-RAY DIFFRACTION99.93
4-89.990.17121470.17052768X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.135 Å / Origin y: 62.057 Å / Origin z: 37.953 Å
111213212223313233
T0.152271315417 Å20.0163312322711 Å2-0.0679765510257 Å2-0.159712843876 Å20.0113356526612 Å2--0.113972473757 Å2
L1.47418509712 °2-0.00874610542977 °2-0.531940696696 °2-4.49018273453 °20.0490400814698 °2--1.18687812292 °2
S-0.0451000650192 Å °0.0234621501198 Å °-0.0050246420577 Å °0.0617309862185 Å °0.0725275555108 Å °0.508852219618 Å °0.0263389711154 Å °-0.143114996433 Å °0.0216201641124 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 321:613 OR RESID 701:701 ) )A321 - 613
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 321:613 OR RESID 701:701 ) )A701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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