PDB-8ivh: crystal structure of SulE mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ivh

タイトル

crystal structure of SulE mutant

要素

Alpha/beta fold hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Complex / SulE / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Hansschlegelia zhihuaiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Liu, B. / He, J. / Ran, T. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of SulE mutant
著者: Liu, B. / He, J. / Ran, T. / Wang, W.

履歴

登録	2023年3月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ivh.cif.gz	171.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ivh.ent.gz	131.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ivh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ivh_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ivh_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8ivh_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	8ivh_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iw8C 8j7iC 8j7lC 8golS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta fold hydrolase

B: Alpha/beta fold hydrolase

ヘテロ分子

83.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.900, 140.060, 58.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Alpha/beta fold hydrolase 分子量: 41092.234 Da / 分子数: 2 / 変異: S209A,H333A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hansschlegelia zhihuaiae (バクテリア) 遺伝子: EK403_17710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I933
#2: 化合物	ChemComp-R4O / methyl 3-[(4-methoxy-6-methyl-1,3,5-triazin-2-yl)carbamoylsulfamoyl]thiophene-2-carboxylate / Thifensulfuron-methyl 分子量: 387.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₃N₅O₆S₂
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→24.43 Å / Num. obs: 132910 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.45→1.49 Å / Num. unique obs: 6159 / CC_1/2: 0.639 / R_pim(I) all: 0.439

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.16	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8GOL

8gol

解像度: 1.45→24.35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1702	-	-
R_work	0.1562	-	-
obs	-	132858	94.53 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→24.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5466	0	82	840	6388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	5736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1482	7802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0871	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.7041	3348

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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