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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ino | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UGT74AN3 in complex UDP and PER | ||||||
要素 | Glycosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Catharanthus roseus (ニチニチカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Long, F. / Huang, W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024 タイトル: Substrate Promiscuity, Crystal Structure, and Application of a Plant UDP-Glycosyltransferase UGT74AN3 著者: Huang, W. / Zhang, X. / Li, J. / Lv, J. / Wang, Y. / He, Y. / Song, J. / Agren, H. / Jiang, R. / Deng, Z. / Long, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ino.cif.gz | 189.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ino.ent.gz | 147.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ino.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ino_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ino_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ino_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ino_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/8ino ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/8ino | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52543.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A385Z961, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-Q30 / |
#3: 化合物 | ChemComp-UDP / |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG2000MME, 0.1M Hepes (7.5), 0.2M potassium nitro |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 203 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→19.83 Å / Num. obs: 22111 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 30.58 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 2152 / CC1/2: 0.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.83 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -11.3656 Å / Origin y: 20.5534 Å / Origin z: 75.4261 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |