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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ic1 | ||||||||||||
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タイトル | endo-alpha-D-arabinanase EndoMA1 D51N mutant from Microbacterium arabinogalactanolyticum in complex with arabinooligosaccharides | ||||||||||||
要素 | endo-alpha-D-arabinanase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycoside Hydrolase | ||||||||||||
機能・相同性 | Chem-OYO / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Microbacterium arabinogalactanolyticum (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Li, J. / Nakashima, C. / Ishiwata, A. / Fujita, K. / Fushinobu, S. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Identification and characterization of endo-alpha-, exo-alpha-, and exo-beta-D-arabinofuranosidases degrading lipoarabinomannan and arabinogalactan of mycobacteria. 著者: Shimokawa, M. / Ishiwata, A. / Kashima, T. / Nakashima, C. / Li, J. / Fukushima, R. / Sawai, N. / Nakamori, M. / Tanaka, Y. / Kudo, A. / Morikami, S. / Iwanaga, N. / Akai, G. / Shimizu, N. / ...著者: Shimokawa, M. / Ishiwata, A. / Kashima, T. / Nakashima, C. / Li, J. / Fukushima, R. / Sawai, N. / Nakamori, M. / Tanaka, Y. / Kudo, A. / Morikami, S. / Iwanaga, N. / Akai, G. / Shimizu, N. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Kitahara, K. / Tanaka, K. / Ito, Y. / Fushinobu, S. / Fujita, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ic1.cif.gz | 413.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ic1.ent.gz | 332 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ic1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ic1_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ic1_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ic1_validation.xml.gz | 82.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ic1_validation.cif.gz | 119.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/8ic1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/8ic1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 53730.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Microbacterium arabinogalactanolyticum (バクテリア) 遺伝子: MIAR_33230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RIL (DE3) |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 #3: 多糖 | alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 |
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-非ポリマー , 8種, 1351分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-PGE / #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 化合物 | ChemComp-NA / #8: 化合物 | ChemComp-CA / #9: 化合物 | ChemComp-OYO / ( #10: 化合物 | ChemComp-MES / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 % |
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結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12 M MES-NaOH (pH 6.0), 5% PEG3000, 20% PEG200, 5 mM arabinononaose with acetonide tag |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46.65 Å / Num. obs: 217228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.21 Å2 / CC1/2: 0.625 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.235 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 10677 / CC1/2: 0.625 / Rpim(I) all: 0.528 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→46.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.319 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.115 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→46.65 Å
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拘束条件 |
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