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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hxe | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of B3 L1 MBL in complex with 2-amino-5-(4-propylbenzyl)thiazole-4-carboxylic acid | ||||||||||||
要素 | Metallo-beta-lactamase L1 type 3 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta-lactamase class B L1 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.382 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan, Y.-H. / Zhu, K.-R. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Discovery of 2-Aminothiazole-4-carboxylic Acids as Broad-Spectrum Metallo-beta-lactamase Inhibitors by Mimicking Carbapenem Hydrolysate Binding. 著者: Yan, Y.H. / Zhang, T.T. / Li, R. / Wang, S.Y. / Wei, L.L. / Wang, X.Y. / Zhu, K.R. / Li, S.R. / Liang, G.Q. / Yang, Z.B. / Yang, L.L. / Qin, S. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hxe.cif.gz | 116.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hxe.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hxe_validation.pdf.gz | 876.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hxe_full_validation.pdf.gz | 896.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hxe_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hxe_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/8hxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/8hxe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hx5C 8hxiC 8hxnC 8hxoC 8hxpC 8hxuC 8hxvC 8hxwC 8hy1C 8hy2C 8hy6C 8hydC 8jaoC 7o0oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28441.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Sodium thiocyanate, 16%-22% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→57.99 Å / Num. obs: 21796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.51 Å / Num. unique obs: 3099 / CC1/2: 0.865 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7O0O 解像度: 2.382→32.65 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.382→32.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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