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- PDB-8hu2: Rattus Syntenin-1 PDZ domain with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hu2
タイトルRattus Syntenin-1 PDZ domain with inhibitor
要素Syntenin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / Neurofascin interactions / Regulation of necroptotic cell death / Ephrin signaling / interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / neurexin family protein binding / presynapse assembly / syndecan binding ...RIPK1-mediated regulated necrosis / Neurofascin interactions / Regulation of necroptotic cell death / Ephrin signaling / interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / neurexin family protein binding / presynapse assembly / syndecan binding / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / Neutrophil degranulation / growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell adhesion molecule binding / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ionotropic glutamate receptor binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / adherens junction / melanosome / presynapse / positive regulation of cell growth / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M8R / Syntenin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Heo, Y. / Lee, J. / Yun, J.H. / Lee, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of STNPDZ with inhibitor at 1.60 Angstroms resolution.
著者: Heo, Y. / Lee, J. / Yun, J.H. / Lee, W.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9422
ポリマ－17,5361
非ポリマー4051
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The calculated molecular weight of the syntenin-1 PDZ domain by gel filtration is almost similar to the molecular weight of the syntenin-1 PDZ domain monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.098, 71.098, 73.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-571-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Syntenin-1 / Syndecan-binding protein 1


分子量: 17536.158 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sdcbp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JI92
#2: 化合物 ChemComp-M8R / (2~{S})-2-(9~{H}-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-3-(4-oxidanylidene-5~{H}-pyrimidin-2-yl)propanoic acid


分子量: 405.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.2 M sodium phosphate monobasic, 0.8 M potassium phosphate dibasic, 0.1 M CAPS/sodium hydroxide (pH 10.5), 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.09 Å / Num. obs: 28703 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 20.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Num. unique obs: 1867 / CC1/2: 0.9943

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260モデル構築
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G1E

5g1e


解像度: 1.6→47.09 Å / SU ML: 0.1816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 21.3885 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2018 7.03 %
Rwork0.2002 26685 -
obs0.2025 28703 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 30 178 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77231713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0588200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6036755
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.30291410.2911854X-RAY DIFFRACTION98.96
1.64-1.680.27081440.26811891X-RAY DIFFRACTION99.95
1.68-1.730.26511430.22981889X-RAY DIFFRACTION99.9
1.73-1.790.22531390.21211898X-RAY DIFFRACTION99.9
1.79-1.850.24781420.20551881X-RAY DIFFRACTION99.95
1.85-1.930.22991410.19561901X-RAY DIFFRACTION99.9
1.93-2.010.22731420.18521857X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.120.2291440.17891899X-RAY DIFFRACTION99.8
2.12-2.250.2271450.19081892X-RAY DIFFRACTION99.76
2.25-2.430.2361470.19841932X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.21761430.19991902X-RAY DIFFRACTION99.95
2.67-3.060.24381490.20631925X-RAY DIFFRACTION99.95
3.06-3.850.22131430.18811941X-RAY DIFFRACTION99.86
3.85-47.090.23381550.19872023X-RAY DIFFRACTION99.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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