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万見
- PDB-8h59: A fungal MAP kinase in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h59
タイトルA fungal MAP kinase in complex with an inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase MPS1
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / kinase / fungal / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic cytokinesis / cell integrity MAPK cascade / positive regulation of developmental process / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...negative regulation of mitotic cytokinesis / cell integrity MAPK cascade / positive regulation of developmental process / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KR9 / Mitogen-activated protein kinase MPS1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyricularia oryzae 70-15 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kong, Z. / Zhang, X. / Wang, D. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structure-Aided Identification of an Inhibitor Targets Mps1 for the Management of Plant-Pathogenic Fungi.
著者: Kong, Z. / Zhang, X. / Zhou, F. / Tang, L. / Chen, Y. / Li, S. / Zhang, X. / Kuai, L. / Su, W. / Cui, W. / Cai, J. / Wang, Y. / Yang, J. / Peng, Y.L. / Wang, D. / Liu, J.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase MPS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7222
ポリマ－46,1581
非ポリマー5641
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 75.040, 159.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase MPS1 / MAPK MPS1


分子量: 46158.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyricularia oryzae 70-15 (菌類) / 株: 70-15 / 遺伝子: MPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4N374, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-KR9 / ~{N}-[(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-8-[2-methoxy-5-(trifluoromethyloxy)phenyl]-1,6-naphthyridine-2-carboxamide


分子量: 563.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24F3N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20%% (v/v) Tacsimate, pH 6.0, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, and 1.0 mM Spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 29013 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 39.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 563437
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.15-2.1920.40.91414080.9150.2070.9370.437
2.19-2.2320.30.7814210.9270.1770.80.463
2.23-2.2720.10.6414210.9530.1450.6560.475
2.27-2.3219.90.58914330.9530.1350.6040.487
2.32-2.3719.60.49714060.9680.1150.510.494
2.37-2.4218.50.43914610.9770.1050.4520.532
2.42-2.4819.20.37613990.9780.0880.3860.551
2.48-2.55190.33214500.9820.0770.3410.622
2.55-2.6220.30.30114220.9870.0680.3080.648
2.62-2.7120.40.25714570.990.0580.2640.754
2.71-2.8120.30.23214130.9910.0530.2380.791
2.81-2.9220.10.20514420.9890.0470.210.892
2.92-3.0519.60.17714390.9920.0410.1821.053
3.05-3.2118.60.15514710.9940.0370.1591.263
3.21-3.4119.20.13814560.9950.0320.1421.476
3.41-3.6820.20.12714490.9960.0290.131.669
3.68-4.0519.60.11614620.9960.0270.121.89
4.05-4.63180.10614950.9960.0260.1092.013
4.63-5.8318.60.10715010.9960.0250.111.959
5.83-5017.10.09616070.9980.0240.0992.102

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z33

5z33


解像度: 2.15→30.08 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 1394 4.93 %
Rwork0.1772 26866 -
obs0.1785 28260 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.46 Å2 / Biso mean: 52.714 Å2 / Biso min: 25.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3023 0 65 146 3234
Biso mean--39.84 48.34 -
残基数----375
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.230.24691550.20182489264493
2.23-2.320.20341220.17842610273296
2.32-2.420.23551520.19352602275496
2.42-2.550.20381470.18412604275197
2.55-2.710.21161320.20452673280598
2.71-2.920.2391240.18852680280498
2.92-3.210.23761260.20372753287999
3.21-3.670.20741190.1752771289099
3.68-4.630.16821490.151927932942100
4.63-30.080.19691680.17252891305999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.560.3385-0.1020.39830.19990.51990.05020.7287-0.1131-0.3929-0.133-0.26690.18270.48710.00010.47050.07230.01070.6821-0.00440.46751.2166-34.988115.6731
20.9016-0.05840.9810.47930.14910.98710.12010.131-0.3279-0.2811-0.06760.31060.0192-0.01270.00030.36090.0275-0.0490.4436-0.05250.414843.0072-40.758124.1634
31.0603-0.34660.56710.569-0.43930.28970.07650.2116-0.0113-0.0633-0.0250.02850.14630.3009-0.00010.34630.0532-0.03230.4699-0.04340.377440.7398-36.068223.6348
41.38540.11310.05040.81620.08121.39450.0479-0.01820.11470.0680.04730.0398-0.09910.032-0.00010.19810.01640.00240.2995-0.0010.273451.9207-33.399838.9411
50.5628-0.14870.41030.07880.12870.76330.2697-0.1114-0.333-0.2108-0.11850.24480.376-0.01650.00010.37-0.0645-0.08970.41770.04610.571839.7599-49.954139.8998
60.1011-0.17960.12750.4657-0.5730.58840.0769-0.3364-0.01390.15550.0031-0.04910.0831-0.0085-00.28460.0176-0.02610.37660.0520.363651.8092-47.632447.4947
70.4262-0.4981-0.35770.50910.15480.24520.08950.1037-0.0062-0.3672-0.1347-0.33110.29770.46560.00090.43030.0609-0.06730.45810.04060.410562.1058-51.964248.4853
81.2425-1.03840.38470.769-0.48670.8393-0.1318-0.335-0.14940.47430.2920.13060.1358-0.2465-0.00010.4350.0063-0.00680.47950.05210.395855.6395-50.173158.0986
90.5053-0.75230.85620.5462-0.67181.1717-0.0316-0.36120.13130.1461-0.0340.31710.175-0.3744-0.00190.3320.01120.02350.4778-0.0270.40340.1221-35.739445.4437
100.4126-0.24110.00330.05920.61640.43560.12960.27890.10740.1713-0.2581-0.154-0.003-0.2933-0.0010.4204-0.0041-0.06520.41340.00620.38126.7441-22.902631.5921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 42 )A5 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 76 )A43 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 99 )A77 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 165 )A100 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 166 through 191 )A166 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 192 through 224 )A192 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 225 through 245 )A225 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 246 through 304 )A246 - 304
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 305 through 339 )A305 - 339
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 340 through 412 )A340 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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