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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gd1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 GP120 Core in Complex with ZXC-I-092 | ||||||
要素 | HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 gp120 core | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / HIV-1 GP120 / CLADE A/E CF01 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / Chem-Z1I / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Pazgier, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2023 タイトル: Piperidine CD4-Mimetic Compounds Expose Vulnerable Env Epitopes Sensitizing HIV-1-Infected Cells to ADCC. 著者: Ding, S. / Tolbert, W.D. / Zhu, H. / Lee, D. / Marchitto, L. / Higgins, T. / Zhao, X. / Nguyen, D. / Sherburn, R. / Richard, J. / Gendron-Lepage, G. / Medjahed, H. / Mohammadi, M. / Abrams, C. ...著者: Ding, S. / Tolbert, W.D. / Zhu, H. / Lee, D. / Marchitto, L. / Higgins, T. / Zhao, X. / Nguyen, D. / Sherburn, R. / Richard, J. / Gendron-Lepage, G. / Medjahed, H. / Mohammadi, M. / Abrams, C. / Pazgier, M. / Smith III, A.B. / Finzi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gd1.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gd1.ent.gz | 64.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gd1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gd1_validation.pdf.gz | 734.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gd1_full_validation.pdf.gz | 749.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gd1_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gd1_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gd1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39466.750 Da / 分子数: 1 / 変異: H61Y,Q105H,V108I,H375T,N474D,I475M,K476R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9 | ||||||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-Z1I / ( | #4: 化合物 | ChemComp-EPE / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 3350 5% PEG 400 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月18日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 7185 / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 340 / CC1/2: 0.42 / Rpim(I) all: 0.774 / % possible all: 78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→49.42 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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