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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fvy | ||||||||||||
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タイトル | 40S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Giardia lamblia / Ribosome structure / Translation / parasite | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Eiler, D.R. / Wimberly, B.T. / Bilodeau, D.Y. / Rissland, O.S. / Kieft, J.S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: The Giardia lamblia ribosome structure reveals divergence in several biological pathways and the mode of emetine function. 著者: Daniel R Eiler / Brian T Wimberly / Danielle Y Bilodeau / J Matthew Taliaferro / Philip Reigan / Olivia S Rissland / Jeffrey S Kieft / 要旨: Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure ...Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure of the G. lamblia 80S ribosome bound to tRNA, mRNA, and the antibiotic emetine by cryo-electron microscopy, to an overall resolution of 2.49 Å. The structure reveals rapidly evolving protein and nucleotide regions, differences in the peptide exit tunnel, and likely altered ribosome quality control pathways. Examination of translation initiation factor binding sites suggests these interactions are conserved despite a divergent initiation mechanism. Highlighting the potential of G. lamblia to resolve conserved biological principles; our structure reveals the interactions of the translation inhibitor emetine with the ribosome and mRNA, thus providing insight into the mechanism of action for this widely used antibiotic. Our work defines key questions in G. lamblia and motivates future experiments to explore the diversity of eukaryotic gene regulation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fvy.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fvy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fvy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fvy_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fvy_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fvy_validation.xml.gz | 140.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fvy_validation.cif.gz | 246.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29495MC 8fruC 8g4sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 2g
#1: RNA鎖 | 分子量: 470516.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: GenBank: 2333213660 |
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#32: RNA鎖 | 分子量: 23749.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) |
-40S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 ABEGHIVZae
#2: タンパク質 | 分子量: 28101.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BE86 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 28413.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BS79 |
#6: タンパク質 | 分子量: 30464.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BFE3 |
#8: タンパク質 | 分子量: 28084.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B6L8 |
#9: タンパク質 | 分子量: 23072.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: V6TBA3 |
#10: タンパク質 | 分子量: 19451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B252 |
#22: タンパク質 | 分子量: 9686.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B484 |
#26: タンパク質 | 分子量: 10121.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B8H7 |
#27: タンパク質 | 分子量: 12791.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BQZ7 |
#34: タンパク質 | 分子量: 7932.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A0A644F843 |
-Ribosomal protein ... , 17種, 17分子 CDJKNOPQRSUYbcdfM
#4: タンパク質 | 分子量: 26765.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BMZ1 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 24779.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B8Z2 |
#11: タンパク質 | 分子量: 21699.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BKS8 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15406.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BRX3 |
#14: タンパク質 | 分子量: 17627.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BE02 |
#15: タンパク質 | 分子量: 15755.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: E2RU83 |
#16: タンパク質 | 分子量: 16728.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BBP3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 17634.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BKC6 |
#18: タンパク質 | 分子量: 15757.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BRG5 |
#19: タンパク質 | 分子量: 17510.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BZ58 |
#21: タンパク質 | 分子量: 14073.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B4G0 |
#25: タンパク質 | 分子量: 14872.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B593 |
#28: タンパク質 | 分子量: 14117.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BJL1 |
#29: タンパク質 | 分子量: 7358.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B4F3 |
#30: タンパク質 | 分子量: 15499.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8B7H6 |
#31: タンパク質 | 分子量: 15134.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BNY1 |
#33: タンパク質 | 分子量: 14378.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: A8BUG8 |
-SSU ribosomal protein ... , 5種, 5分子 FLTWX
#7: タンパク質 | 分子量: 21058.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: V6T8P6 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 23160.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: V6TF82 |
#20: タンパク質 | 分子量: 17816.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: V6TE85 |
#23: タンパク質 | 分子量: 14770.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: V6TFI0 |
#24: タンパク質 | 分子量: 15897.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) 参照: UniProt: V6T9I6 |
-非ポリマー , 4種, 768分子
#35: 化合物 | ChemComp-MG / #36: 化合物 | ChemComp-YAT / | #37: 化合物 | ChemComp-ZN / | #38: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#34 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 72.26 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 289618 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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