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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fjo | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of CYP124A1 from Mycobacterium Marinum in complex with farnesyl acetate | ||||||
要素 | Cytochrome P450 124A1, Cyp124A1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/SUBSTRATE / substrate bound / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-SUBSTRATE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium marinum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Ghith, A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2023 タイトル: The catalytic activity and structure of the lipid metabolizing CYP124 cytochrome P450 enzyme from Mycobacterium marinum. 著者: Ghith, A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fjo.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fjo.ent.gz | 80.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fjo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fjo_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fjo_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fjo_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fjo_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fjo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fkbC 8floC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49289.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / 遺伝子: cyp124A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HHT9 |
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-非ポリマー , 7種, 259分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-Y7R / ( | ||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.15 M Ammonium sulfate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→46.78 Å / Num. obs: 46899 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.5 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 69.4 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Num. measured all: 8736 / Num. unique obs: 1711 / CC1/2: 0.554 / Rpim(I) all: 0.692 / Rrim(I) all: 1.681 / Χ2: 0.35 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→45.92 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→45.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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