PDB-8fiu: Potent long-acting inhibitors targeting HIV-1 capsid based on a v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fiu

タイトル

Potent long-acting inhibitors targeting HIV-1 capsid based on a versatile quinazolin-4-one scaffold

要素

HIV-1 capsid

キーワード

ANTIVIRAL-PROTEIN/INHIBITOR / HIV-1 / Capsid / Ligand complex / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL-PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Nolte, R.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Potent Long-Acting Inhibitors Targeting the HIV-1 Capsid Based on a Versatile Quinazolin-4-one Scaffold.
著者: Gillis, E.P. / Parcella, K. / Bowsher, M. / Cook, J.H. / Iwuagwu, C. / Naidu, B.N. / Patel, M. / Peese, K. / Huang, H. / Valera, L. / Wang, C. / Kieltyka, K. / Parker, D.D. / Simmermacher, J. ...

履歴

登録	2022年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fiu.cif.gz	493.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fiu.ent.gz	339.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8fiu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fiu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8fiu_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	8fiu_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fiu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 capsid

B: HIV-1 capsid

C: HIV-1 capsid

ヘテロ分子

80 kDa, 3 ポリマー
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1

A: HIV-1 capsid

B: HIV-1 capsid

ヘテロ分子

A: HIV-1 capsid

B: HIV-1 capsid

ヘテロ分子

A: HIV-1 capsid

B: HIV-1 capsid

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 6 ポリマー
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2

C: HIV-1 capsid

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 6 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_645	-y+1,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_765	-x+y+2,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	4_755	-x+2,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_665	y+1,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_545	x-y,x-1,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.197, 156.197, 56.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6
Space group name Hall	P6
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z #3: y,-x+y,z #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-583- HOH

#1: タンパク質	HIV-1 capsid 分子量: 25592.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-Y05 / N-[(1S)-1-{(3P)-3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide 分子量: 918.306 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₃₈ClF₆N₉O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 100 mM bicine, pH 9.0 and 14% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→35.18 Å / Num. obs: 111350 / % possible obs: 87.51 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.68 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09385 / R_pim(I) all: 0.0258 / Net I/σ(I): 13.23
反射シェル	解像度: 1.561→1.616 Å / 冗長度: 14.5 % / Num. unique obs: 2499 / CC_1/2: 0.51 / R_pim(I) all: 0.6367 / % possible all: 22.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→35.18 Å / SU ML: 0.1679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 23.3239
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1942	1866	1.91 %
R_work	0.1608	95604	-
obs	0.1615	97470	87.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→35.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5010	0	217	861	6088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0167	5428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4049	7435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0676	823
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0122	941
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9988	2033

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.6	0.2483	30	0.2275	1301	X-RAY DIFFRACTION
1.6-1.65	0.2902	115	0.2187	5141	X-RAY DIFFRACTION	61.69
1.65-1.7	0.2434	122	0.2132	7137	X-RAY DIFFRACTION	85.04
1.7-1.76	0.2469	148	0.2253	7490	X-RAY DIFFRACTION	89.77
1.76-1.83	0.258	157	0.2032	7833	X-RAY DIFFRACTION	94.01
1.83-1.92	0.2086	147	0.1821	8021	X-RAY DIFFRACTION	95.53
1.92-2.02	0.2035	168	0.1689	8202	X-RAY DIFFRACTION	97.86
2.02-2.15	0.1807	164	0.1676	8263	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.15-2.31	0.1903	166	0.1492	8302	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.31-2.54	0.173	151	0.1561	8404	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.54-2.91	0.198	149	0.156	8443	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.91-3.67	0.1882	162	0.1551	8438	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.67-35.18	0.1885	187	0.152	8629	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.72486199956	0.692002502042	-0.299645673009	2.06433356044	1.05729079547	1.73016783986	-0.0359021105008	-0.457563621797	0.0759924494024	0.953156017589	-0.305239574864	-0.816733464814	-0.568466220781	0.737526903473	0.303958334027	0.406091762868	-0.0607819575527	-0.157950408546	0.386832585476	-0.00181873545828	0.400914794074	69.9970112016	35.5052975546	18.640614678
2	0.947553527878	-1.19768856973	-1.18131997779	3.73626979664	2.66288209178	5.75809373021	0.0339188667913	-0.170558964865	0.122962980212	-0.0827880844787	0.147970883577	-0.0747845712729	-0.331933061132	0.33582377286	-0.290559175603	0.218482553642	-0.045030977477	0.00173784602064	0.284336714062	0.00755167346477	0.378484955435	71.0677810701	33.4171002375	-3.2478622975
3	0.953454414713	0.272984268953	-0.488907249624	0.525021668054	-0.128973037514	0.25896064874	-0.0134291121659	-0.0169858286138	0.0733730861402	-0.0313339696583	0.041555956993	-0.0592055211505	0.0676872077553	0.0547374487359	-0.0361079048115	0.219725026389	-0.010504967154	-0.00683989693837	0.238935421836	-0.0108810664377	0.29772235708	68.1324118447	26.8787979454	1.37625365503
4	1.53140415827	0.446602158752	-0.656935372946	1.0067161979	-0.957147254585	4.47398490181	-0.163554034768	-0.00050125973866	-0.288459541828	-0.0631942078975	-0.123122382346	-0.173664463257	0.692980817912	0.119606615521	0.142337558845	0.301775218781	-0.0397285600867	0.0341695725328	0.223353697308	-0.0147774485899	0.314438399471	58.2340371105	14.8305649592	3.76794389012
5	0.764391970173	0.0268959521336	-0.486190149605	2.43006476226	0.235328560033	1.51894667712	-0.0304474890201	-0.566492818098	-0.066891481347	0.733788474188	-0.0128171522736	0.346147751016	0.331042474691	-0.13988592966	0.0494233653698	0.401166794001	-0.0386207338842	0.0604456617656	0.374293042968	-0.00466302257621	0.295735277591	56.2693699884	21.9823444667	20.5596004372
6	3.33742121499	-0.827612434863	-2.89300690147	1.23352055661	1.20604056687	4.65244636624	-0.131882489159	0.267972499869	-0.410211031572	0.0429367560631	-0.116406793803	-0.0592631199393	0.396045552686	-0.134857264302	0.194560294332	0.227745442032	-0.00685635103791	0.0413911792448	0.227611904967	-0.0310918765785	0.309063859521	66.5531309706	17.2532733161	1.79051680895
7	4.51253805087	-0.26891105633	-1.41035645285	1.17541424738	0.29200493035	3.19105414707	0.261940055432	0.42221385404	0.116778473536	-0.167439035793	-0.239913204174	0.300149899955	-0.096803656703	-0.262168724251	0.091105374495	0.399909399171	-0.00870196383428	0.0528500299952	0.359119321266	-0.0260577862153	0.313479337381	82.3054029774	10.1157169049	-19.3776978377
8	2.65347581348	-0.170518093571	-1.50304100914	1.67998986771	0.534435480837	4.21771248387	-0.105921036132	0.142399493908	0.0218634828524	-0.113563931237	-0.147329517363	0.1819410491	0.0501667508229	-0.0505719731875	0.255949355125	0.292402701898	-0.00786512747623	0.0195380454952	0.231298892132	-0.00815133717298	0.275754300282	85.1828771421	13.7043746589	-12.8128921098
9	7.67791731845	-3.56068788233	-0.934391000221	3.9014988902	0.317483759532	0.15526860428	0.0906045837567	-1.42618083694	-0.0161524909444	-0.0151153848561	0.105451033109	0.147749351906	0.0456671607474	0.316710277732	-0.162461585641	0.458881832053	-0.06017686839	0.0106944717598	0.463447467849	0.00530293319242	0.363273585058	80.6413183019	4.67069880983	-5.03555110286
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7	7	chain 'A' and (resid 146 through 160 )	A	A	146 - 160	146 - 160
8	8	chain 'A' and (resid 161 through 174 )	A	A	161 - 174	161 - 174
9	9	chain 'A' and (resid 175 through 189 )	A	A	175 - 189	175 - 189
10	10	chain 'A' and (resid 190 through 205 )	A	A	190 - 205	190 - 205
11	11	chain 'A' and (resid 206 through 219 )	A	A	206 - 219	206 - 219
12	12	chain 'B' and (resid 1 through 16 )	B	B	1 - 16	1 - 16
13	13	chain 'B' and (resid 17 through 30 )	B	B	17 - 30	17 - 30
14	14	chain 'B' and (resid 31 through 83 )	B	B	31 - 83	31 - 83
15	15	chain 'B' and (resid 84 through 125 )	B	B	84 - 125	84 - 125
16	16	chain 'B' and (resid 126 through 145 )	B	B	126 - 145	126 - 145
17	17	chain 'B' and (resid 146 through 160 )	B	B	146 - 160	146 - 160
18	18	chain 'B' and (resid 161 through 175 )	B	B	161 - 175	161 - 175
19	19	chain 'B' and (resid 176 through 195 )	B	B	176 - 195	176 - 190
20	20	chain 'B' and (resid 196 through 205 )	B	B	196 - 205	191 - 200
21	21	chain 'B' and (resid 206 through 219 )	B	B	206 - 219	201 - 214
22	22	chain 'C' and (resid 1 through 48 )	C	C	1 - 48	1 - 48
23	23	chain 'C' and (resid 49 through 83 )	C	C	49 - 83	49 - 83
24	24	chain 'C' and (resid 84 through 104 )	C	C	84 - 104	84 - 104
25	25	chain 'C' and (resid 105 through 125 )	C	C	105 - 125	105 - 125
26	26	chain 'C' and (resid 126 through 145 )	C	C	126 - 145	126 - 145
27	27	chain 'C' and (resid 146 through 174 )	C	C	146 - 174	146 - 174
28	28	chain 'C' and (resid 175 through 192 )	C	C	175 - 192	175 - 192
29	29	chain 'C' and (resid 193 through 205 )	C	C	193 - 205	193 - 205
30	30	chain 'C' and (resid 206 through 219 )	C	C	206 - 219	206 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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