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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fbu | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and Compound-2 | |||||||||
要素 | Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / NMT / inhibitor / Myristoyl-CoA / MyrCoA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Staker, B.L. / Fenwick, M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA 著者: Staker, B.L. / Fenwick, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fbu.cif.gz | 554.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fbu.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fbu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fbu_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fbu_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fbu_validation.xml.gz | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fbu_validation.cif.gz | 58.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fbu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fbmC 8fbtC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50717.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd3_320 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5CV46 |
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-非ポリマー , 8種, 588分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-XOL / ( | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PGE / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: CrpaA.18219.a.A10.PS38408 at 17.5 mg/mL was incubated with final concentrations of 0.8 mM Myristoyl-CoA and 1.0 mM compound at 4C for 30 min, then mixed with 1:1 with 100 mM BisTris-HCl pH 6. ...詳細: CrpaA.18219.a.A10.PS38408 at 17.5 mg/mL was incubated with final concentrations of 0.8 mM Myristoyl-CoA and 1.0 mM compound at 4C for 30 min, then mixed with 1:1 with 100 mM BisTris-HCl pH 6.5 and 27.5% PEG 3350. Protein buffer is 25 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 5% Glycerol, 2 mM DTT, 0.025% Azide. Crystals are harvested using crystallant plus 25% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 59810 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.23 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.44 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2994 / CC1/2: 0.504 / CC star: 0.819 / Rpim(I) all: 0.506 / Rrim(I) all: 0.927 / Χ2: 0.778 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.37 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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