PDB-8fa0: Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fa0

タイトル

Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-14208, an HIV-1 gp120 antagonist

要素

HIV-1 gp120 core

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 / NBD-14208 / small molecules / CD4-gp120 binding inhibitor / antagonist

機能・相同性

Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Chem-XKR / HIV-1 gp120 core

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Antiviral Activity and Crystal Structures of HIV-1 gp120 Antagonists.
著者: Curreli, F. / Kwon, Y.D. / Nicolau, I. / Burgos, G. / Altieri, A. / Kurkin, A.V. / Verardi, R. / Kwong, P.D. / Debnath, A.K.

履歴

登録	2022年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fa0.cif.gz	158.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fa0.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fa0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fa0_validation.pdf.gz	942.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fa0_full_validation.pdf.gz	951.8 KB	表示
XML形式データ	8fa0_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8fa0_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fa0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fa0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f9zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (3) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3)

登録構造単位

A: HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.213, 66.970, 90.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

HIV-1 gp120 core

分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 変異: V1/V2, V3 deletion, H375S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 株: clade A/E 93TH057 / 遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW8

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-XKR / N-{(1S)-2-amino-1-[4,5-bis(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl}-5-(4-chloro-3,5-difluorophenyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide / NBD-14208

分子量: 442.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇ClF₂N₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES

分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 12-14% PEG3350, 5% isopropanol, 0.1M HEPES, 7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 39369 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Χ²: 0.102 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	1.8	0.939	1386	0.806	1	66.4
2.14-2.18	1.9	0.849	1559	0.864	1	73.5
2.18-2.22	2.2	0.781	1710	0.981	1	81.8
2.22-2.26	2.5	0.805	1801	0.854	1	85.6
2.26-2.31	2.7	0.767	1892	0.848	1	90.9
2.31-2.37	3.1	0.799	2019	0.881	1	94.8
2.37-2.42	3.4	0.888	2038	0.952	1	98.5
2.42-2.49	3.8	0.874	2102	0.956	1	99.1
2.49-2.56	4.1	0.745	2114	1.047	1	99.5
2.56-2.65	4.3	0.704	2061	1.219	1	99.6
2.65-2.74	4.3	0.542	2109	1.321	1	99.6
2.74-2.85	4.4	0.453	2063	1.515	1	99.4
2.85-2.98	4.4	0.355	2098	1.663	1	99.4
2.98-3.14	4.3	0.276	2089	1.683	1	99
3.14-3.33	4.2	0.211	2086	1.833	1	99
3.33-3.59	4	0.159	2064	1.893	1	99
3.59-3.95	3.7	0.117	2078	1.765	1	98.8
3.95-4.52	3.5	0.092	2072	1.615	1	98.5
4.52-5.7	3.3	0.086	2055	1.458	1	98.1
5.7-50	3.1	0.081	1973	1.83	1	93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→36.35 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2977	1068	5 %
R_work	0.2427	-	-
obs	0.2454	21346	94.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2639	0	185	49	2873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.76
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.863	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.18	0.3685	100	0.3439	1880	X-RAY DIFFRACTION	71
2.18-2.3	0.3859	126	0.3139	2408	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3-2.44	0.3426	139	0.317	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.63	0.3912	136	0.3066	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.9	0.3784	141	0.2749	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9-3.32	0.299	140	0.2585	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
3.32-4.18	0.2814	141	0.2341	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
4.18-36.35	0.268	145	0.2102	2745	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8454	0.1151	-0.7371	3.2893	-0.3089	3.2674	-0.1346	-0.1205	-0.162	-0.4771	-0.0987	-0.1476	0.3447	-0.1815	0.3084	0.4762	0.0232	0.032	0.3361	0.0191	0.4156	-15.3363	-5.7357	-17.9091
2	2.0556	0.2181	-0.5185	2.2215	-0.4524	1.9271	-0.1907	-0.226	-0.098	0.1325	-0.0194	-0.2226	0.2223	-0.105	0.1689	0.4199	0.0228	-0.0301	0.4067	0.0037	0.3219	-11.3998	3.453	-14.3154
3	2.0978	0.1037	-0.0981	3.1817	-0.4586	2.5856	0.0362	-0.1584	0.2841	-0.0398	-0.0857	-0.1413	-0.3211	-0.1608	0.0331	0.3775	0.0642	-0.0919	0.3126	-0.0273	0.4686	-14.5979	23.3615	-17.5464
4	3.674	0.6263	-0.325	6.7007	-2.1283	3.1132	-0.1558	-0.6984	0.1741	0.4906	-0.0598	-0.4776	-0.0372	0.103	0.0677	0.4887	0.0452	-0.0175	0.4645	-0.0531	0.2934	-14.7277	3.3155	-7.9765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 44:88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 89:254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 255:473
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resi 474:492

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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