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- PDB-8fa0: Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fa0 | ||||||
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Title | Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-14208, an HIV-1 gp120 antagonist | ||||||
![]() | HIV-1 gp120 core | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / NBD-14208 / small molecules / CD4-gp120 binding inhibitor / antagonist | ||||||
Function / homology | Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Chem-XKR / HIV-1 gp120 core![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kwon, Y.D. / Kwong, P.D. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Antiviral Activity and Crystal Structures of HIV-1 gp120 Antagonists. Authors: Curreli, F. / Kwon, Y.D. / Nicolau, I. / Burgos, G. / Altieri, A. / Kurkin, A.V. / Verardi, R. / Kwong, P.D. / Debnath, A.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 158.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 942.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 951.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8f9zC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
#1: Protein | Mass: 39160.367 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V1/V2, V3 deletion, H375S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||||||||
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#2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 / Details: 12-14% PEG3350, 5% isopropanol, 0.1M HEPES, 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→50 Å / Num. obs: 39369 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 0.102 / Net I/σ(I): 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→36.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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