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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ezz | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) in Complex with ML2006a2 | ||||||||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARSCoV2 / SARS-CoV-2 / coronavirus / Main Protease / Protease / Mpro / 3C-like proteinase / CL3pro / Inhibitor / Complex / Covalent / Adduct / M2006a2 / Ketoamide / Azetidine / Peptidomimetic | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / copper ion binding / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Westberg, M. / Fernandez, D. / Lin, M.Z. | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2024 タイトル: An orally bioavailable SARS-CoV-2 main protease inhibitor exhibits improved affinity and reduced sensitivity to mutations. 著者: Westberg, M. / Su, Y. / Zou, X. / Huang, P. / Rustagi, A. / Garhyan, J. / Patel, P.B. / Fernandez, D. / Wu, Y. / Hao, C. / Lo, C.W. / Karim, M. / Ning, L. / Beck, A. / Saenkham-Huntsinger, P. ...著者: Westberg, M. / Su, Y. / Zou, X. / Huang, P. / Rustagi, A. / Garhyan, J. / Patel, P.B. / Fernandez, D. / Wu, Y. / Hao, C. / Lo, C.W. / Karim, M. / Ning, L. / Beck, A. / Saenkham-Huntsinger, P. / Tat, V. / Drelich, A. / Peng, B.H. / Einav, S. / Tseng, C.K. / Blish, C. / Lin, M.Z. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ezz.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ezz.ent.gz | 57.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ezz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ezz_validation.pdf.gz | 807.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ezz_full_validation.pdf.gz | 809.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ezz_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ezz_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7setC 7sf1C 7sf3C 7u92C 7uugC 7uupC 8ezvC 8f02C 8f2cC 8f2dC 6lzeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express LysY/Iq / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-X70 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Sitting drops consisted of 0.23 uL A:0.23 uL B: A) 5.3 mg/mL Mpro + 0.9 mM ML2006a2 in in 20 mM Tris pH 7.3 + 3 mM TCEP + 3 % DMSO B) 0.1 M HEPES pH 7.5 4% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日 詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2 |
放射 | モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL, NON FIXED EXIT SLIT プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→40.1 Å / Num. obs: 25876 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.334 / Num. measured all: 7148 / Num. unique obs: 1574 / CC1/2: 0.444 / Rpim(I) all: 0.695 / Rrim(I) all: 1.51 / Χ2: 0.61 / Net I/σ(I) obs: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LZE 解像度: 1.85→40.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.934 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.379 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→40.1 Å
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拘束条件 |
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