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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8eye | ||||||
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Title | Plasmodium falciparum M1 in complex with inhibitor 9aj | ||||||
![]() | M1 family aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Malaria / metalloaminopeptidase / inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane ...symbiont-containing vacuole membrane / vacuolar lumen / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / food vacuole / dipeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calic, P.P.S. / McGowan, S. / Webb, C.T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-based development of potent Plasmodium falciparum M1 and M17 aminopeptidase selective and dual inhibitors via S1'-region optimisation. Authors: Calic, P.P.S. / Vinh, N.B. / Webb, C.T. / Malcolm, T.R. / Ngo, A. / Lowes, K. / Drinkwater, N. / McGowan, S. / Scammells, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 516.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 346.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ewzC ![]() 8ex3C ![]() 8eydC ![]() 8eyfC ![]() 8ez2C ![]() 8ez4C ![]() 3ebgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 104833.969 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O96935, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases |
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-Non-polymers , 6 types, 1156 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/X4I.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/X4I.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-X4I / | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20-30% poly(ethylene glycol) (PEG)8000, 0.1 M Tris pH 7.5-8.5, 0.2 M MgCl2, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Mar 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95373 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→46.28 Å / Num. obs: 170846 / % possible obs: 99.74 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.896 Å / Num. unique obs: 16784 / CC1/2: 0.872 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3EBG Resolution: 1.83→46.28 Å / SU ML: 0.1945 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.9751 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→46.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 17.6592511656 Å / Origin y: 4.02314485697 Å / Origin z: 10.2376971196 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |