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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e5j | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of 4-n-butylbenzoic acid bound CYP199A4 | |||||||||
要素 | Cytochrome P450 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 / Heme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Doherty, D.Z. / Bell, S.G. / Bruning, J.B. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2022 タイトル: Exploring the Factors which Result in Cytochrome P450 Catalyzed Desaturation Versus Hydroxylation. 著者: Coleman, T. / Doherty, D.Z. / Zhang, T. / Podgorski, M.N. / Qiao, R. / Lee, J.H.Z. / Bruning, J.B. / De Voss, J.J. / Zhou, W. / Bell, S.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e5j.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e5j.ent.gz | 70 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e5j_validation.pdf.gz | 1015.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e5j_full_validation.pdf.gz | 1017.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8e5j_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e5j_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e5j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r8sC 7udfC 5uvbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MH0 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HX1 / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 15-30% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→43.21 Å / Num. obs: 16355 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.29 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.276 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 109842 / Scaling rejects: 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UVB 解像度: 2.3→43.209 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.36 Å2 / Biso mean: 25.7239 Å2 / Biso min: 7.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→43.209 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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