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- PDB-8e3m: E. coli 50S ribosome bound to L-linker solithromycin conjugate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e3m
タイトルE. coli 50S ribosome bound to L-linker solithromycin conjugate
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 8
  • 50S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / E. coli ribosome / solithromycin / siderophore conjugate / antibiotics (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / : / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 ...Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / : / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein L2, domain 2 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UIU / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...Chem-UIU / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL13
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pellegrino, J. / Lee, D.J. / Fraser, J.S. / Seiple, I.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123159 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128656 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solithromycin siderophore conjugates
著者: Boyce, J.H. / Pellegrino, J. / Lee, D.J. / Ecker, A.K. / Seiple, I.B. / Fraser, J.S.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: 50S ribosomal RNA
J: 5S ribosomal RNA
K: 50S ribosomal protein L2
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L4
N: 50S ribosomal protein L3
O: 50S ribosomal protein L13
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L32
R: 50S ribosomal protein L34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,110,25911
ポリマ－1,109,07810
非ポリマー1,1811
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#1: RNA鎖 50S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 941795.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1266940032

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50S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 KLMNOPQR

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplB, b3317, JW3279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplD, ECMG_02584 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9FY55
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplM, A1UI_03510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EW51
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, ECDEC2D_1303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828UBL8
#10: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4

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非ポリマー , 1種, 1分子

#11: 化合物 ChemComp-UIU / N-acetyl-L-tyrosyl-N-[(3M)-3-(1-{4-[(3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}dodecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-1(4H)-yl]butyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)phenyl]-L-methioninamide / L-linker solithromycin conjugate


分子量: 1181.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H85FN8O14S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S E. coli ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #2-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250098 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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